本局局長綜理局務，副局長二人襄理局務，其掌管事項如下：
一、有關水資源企劃及研發事項。
二、有關水資源規劃及調配事項。
三、有關水資源開發及保育事項。
四、有關河川及水權相關事項。
五、有關水文及水資源資訊事項。
六、有關文書、總務、議事及公共關係事項。
七、有關人事管理事項。
八、有關歲計、會計及統計事項。
九、有關政風事項。

本局置主任秘書一人，其掌管事項如下：
一、統籌督導文書、總務、議事及公共關係業務。
二、統籌督導人事管理業務。
三、統籌督導歲計、會計及統計業務。
四、統籌督導政風預防、查處業務。
五、關於本局各單位右列業務呈判 (核) 文稿及施政計畫、工作計
畫、工作報告之審核事項。
六、其他行政督導及臨時交辦事項。

本局置總工程司一人，其掌管事項如下：
一、統籌督導水資源企劃及研發業務。
二、統籌督導水資源開發及保育業務。
三、統籌督導河川及水權相關業務。
四、統籌督導水利重大建設工程之協調及業務執行。
五、統籌督導水文及水資源資訊業務。
六、關於本局各單位右列業務呈判 (核) 文稿及施政計畫、工作計
畫、工作報告之審核事項。
七、其他技術督導及臨時交辦事項。

第一組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於水利政策及法規之擬訂事項。
二、關於水資源制度、規範及標準之研擬事項。
三、關於水利技師登記、輔導、管理及水利團體之指導、監督事項。
四、關於水利事業綜合企劃事項。
五、關於全國水利人員培訓事項。
六、關於重要列管計畫管制考核事項。
七、關於水利科技及水資源經濟研究發展與推廣事項。
八、關於國際水利組織之聯繫及水利技術合作事項。
九、關於全球變遷及水資源永續發展之相關研究事項。
十、關於本局施政方針、工作計劃之彙編事項。
十一、關於本局施政方針、工作計劃績效檢討及工作報告之彙編事項。
十二、關於目標管理等列管案件之審核追蹤，考核與進度標示事項。
十三、關於研究發展業務推動事項。
十四、關於節約用水措施及愛護水資源教育宣導推動事項。
十五、其他臨時交辦事項。

第二組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於全國水資源綱領計畫之研擬及推動事項。
二、關於水資源規劃事項。
三、關於水資源供需情勢分析事項。
四、關於水資源開發工程建設計畫審議與督導事項。
五、關於水資源規劃與開發環境影響評估之追蹤考核事項。
六、關於工程品質評鑑事項。
七、其他臨時交辦事項。

第三組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於水庫集水區保育、治理、水庫浚渫事項。
二、關於水庫安全檢查與評估事項。
三、關於水資源統籌調配及協調仲裁事項。
四、關於旱災防救方案研擬，推動與督導事項。
五、關於用水計量之審議事項。
六、關於水資源工程環境影響評估之追蹤考核事項。
七、關於水源水質檢驗分析等事項。
八、關於各標的用水基本資料統計事項。
九、其他臨時交辦事項。

第四組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於水道變更及其治理計畫線之審議事項。
二、關於河川治理及防洪排水禦潮等工程建設計畫之審議與督導事
項。
三、關於河川管理及河海堤、區域排水工程設施維護管理之督導事
項。
四、關於水利設施災害防救方案之研擬與督導事項。
五、關於專案水工試驗事項。
六、關於水利建造物安全檢查評估事項。
七、其他臨時交辦事項。

第五組置組長、副組長各一人，其掌管事項如下：
一、關於地面水文觀測調查事項。
二、關於推動水文觀測現代化事項。
三、關於水權登記之監督與管理事項。
四、關於地下水文觀測調查事項。
五、關於推動地層下陷防治事項。
六、關於水資源資訊系統之建立、服務及維護管理事項。
七、其他臨時交辦事項。

秘書室掌管事項如下：
一、關於公文收發、繕校稽催、檔案管理及印信典守事項。
二、關於出納、財產管理及物品採購事項。
三、關於廳舍修繕、房屋貸款、工友管理、環境管理、車輛管理及
其他事務性事項。
四、關於本局業務會報之紀錄及其決定案之處理事項。
五、關於各類業務視察訪問之安排及資料之彙編事項。
六、關於國會業務事項。
七、關於本局政府出版品核驗編列統一編號及贈送存圖書館事項。
八、關於本局各類圖書、期刊、技術文件 (報告) 之建檔管理、清
點、催還等事項。
九、關於各單位公文稽查事項。
十、關於便民業務之督導考核事項。
十一、關於新聞資料之發布及檢驗雜誌編輯與發行事項。
十二、關於中外來賓參觀訪問之安排聯繫事項。
十三、關於表報管制事項。
十四、關於交代案件之處理事項。
十五、關於本室年度預算編列分配與運用事項。
十六、關於本室屬員工作分配督導考核事項。
十七、其他臨時交辦事項。

人事室置主任一人，其掌管事項如下：
一、關於人事革新之建議事項。
二、關於人事業務研究發展之策劃事項。
三、關於本局職員任免、調遷及職務歸系之擬辦事項。
四、關於本局職員考試、銓審、動態、試用及留職停薪之擬辦事項。
五、關於本局職員考績、獎懲及控案之擬辦事項。
六、關於退休 (資遣) 、撫卹、進修、訓練、實習及出國案件之擬辦事項
。
七、關於差假管理及工作標準之修訂事項。
八、關於值日人員之編排事項。
九、關於本局組織編制、辦事細則及權責劃分之擬辦與修訂事項。
十、關於待遇、福利及保險之擬辦事項。
十一、關於文康活動及各項慶典事項。
十二、關於人事資料之登記移轉、管理及各類證明書職員錄之擬辦事項。
十三、關於本室工作計畫、工作報告之編擬事項。
十四、關於本室年度預算之編列分配與運用事項。
十五、關於本室人事人員之任免、獎懲、考績之擬議事項。
十六、關於屬員之工作分配、督導考核事項。
十七、關於行政革新工作之推動事項。
十八、其他臨時交辦事項。

會計室置會計主任一人，其掌管事項如下：
一、關於歲入出概算、預算、分配預算及決算書類之彙編事項。
二、關於歲入出預算追加減、動支預備金之彙編事項。
三、關於預算依法流用及保留之彙辦事項。
四、關於歲入出預算資料之蒐集調查事項。
五、關於會計傳票之編製及會計帳簿之記載、結算及會計報告之編報事項
。
六、關於收支憑證、會計帳簿、月報表之保管及現金結存表、差額解釋表
之核對等事項。
七、關於收支憑證之審核、預算執行及減少不經濟支出之建議事項。
八、關於各項收入之稽核及財產報告之審核事項。
九、關於會計報告之審核與會計報告帳目之抽查及財物案件之監標監驗事
項。
十、關於統計規章制度方案圖表之規劃設計，辦擬事項。
十一、關於統計資料之調查、蒐集、分析、審核及統計圖表報告書刊編製
印行應交換及統計資料檔案管理事項。
十二、關於本局會計人員之編制、任免、遷調、考核、獎懲及訓練等事項
。
十三、關於會計人員之職位分類事項。
十四、關於本室年度工作計畫及工作成果之擬編事項。
十五、本室年度預算之擬編分配與運用事項。
十六、其他臨時交辦事項。

政風室置主任一人，其掌管事項如下：
一、關於本局各項政風法令之擬訂、修正及蒐集、編印事項。
二、訂定本局端正政風及防制貪污工作實施計畫。
三、貫徹宣導、執行政風法令，表揚優良政風事蹟，並適時修正不合時宜
之法令規章。
四、對於員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
五、對於易滋弊端之業務，研訂具體防弊措施，並追蹤管制其執行情形。
六、調查民眾檢舉及媒體報導本局弊端事項。
七、設置本局檢舉貪瀆專用信箱及電話，鼓勵員工及民眾檢舉。
八、依據獎勵保護檢舉貪污職辦法，審慎處理檢舉貪污案件。
九、關於本局政風興革建議事項。
十、關於本局政風考核獎懲建議事項。
十一、關於受理本局有關人員財產申報事項。
十二、訂定及宣導公務機密維護規定，並切實監督執行及處理洩密案件。
十三、關於首長安全維護事項。
十四、預防危害破壞事件協助處理陳情請願事項。
十五、關於本室政風人員編制、任免、考績及獎懲之擬議事項。
十六、其他有關政風及臨時交辦事項。