本局局長綜理局務，副局長二人襄理局務，其掌管事項如下：
一、有關水資源企劃及研發事項。
二、有關水資源規劃及調配事項。
三、有關水資源開發及保育事項。
四、有關河川及水權相關事項。
五、有關水文及水資源資訊事項。
六、有關文書、總務、議事及公共關係事項。
七、有關人事管理事項。
八、有關歲計、會計及統計事項。
九、有關政風事項。