本條例所稱主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

本條例所稱動物防疫機關，係指各級主管機關依第八條第二項所設之機關及鄉（鎮、市）公所。

主管機關對於主管事項涉及國民健康者，應會同衛生主管機關行之。

本條例所稱檢疫物，指前條所稱動物及其血緣相近或對動物傳染病有感受性之其他動物，並包括其屍體、骨、肉、內臟、脂肪、血液、皮、毛、羽、角、蹄、腱、生乳、血粉、卵、精液、胚及其他可能傳播動物傳染病病原體之物品。

中央主管機關得指定前項檢疫物之品目，公告為應實施檢疫之檢疫物（以下簡稱應施檢疫物）。

本條例所稱動物傳染病，由中央主管機關依傳染病危害之嚴重性，分為甲、乙、丙三類公告之。

直轄市或縣（市）主管機關為防治動物傳染病之發生、傳染及蔓延，得以命令指定前項以外之動物傳染病，並適用本條例之一部或全部。

本條例所稱罹患動物傳染病，係指動物發病後，經診斷確定已感染動物傳染病者。

本條例所稱疑患動物傳染病，係指動物發病後，認有感染動物傳染病之虞，尚未經診斷，或經診斷而尚無法確定者。

本條例所稱可能感染動物傳染病，係指與罹患或疑患動物傳染病之動物直接或間接接觸，尚未發病，而依流行病學資料研判，有被感染動物傳染病之虞者。

各級主管機關應置動物防疫人員，由具獸醫師資格者任之。

直轄市、縣（市）政府應設動物防疫機關；中央主管機關應設動物防疫檢疫機關，必要時得設中央獸醫研究所。

輸出入動物檢疫機關，應置動物檢疫人員，由具獸醫師資格者任之。

各級主管機關為緊急防治動物傳染病，得調派轄內動物防疫人員或動物檢疫人員，施行緊急防治。

動物防疫人員因防疫必要，得進入動物飼養場所、倉庫及其相關處所、車、船、航空器，對動物、動物產品與其包裝、容器及相關物品，實施檢查、查閱相關資料或查詢關係人，所有人或關係人不得規避、妨礙或拒絕。

動物檢疫人員因檢疫必要，得對到達港、站具傳播動物傳染病之虞之動物、動物產品及其包裝、容器、貨物、郵包、行李、車、船、航空器、貨物之存放或集散場所，實施檢查、查閱相關資料或查詢關係人，所有人或關係人不得規避、妨礙或拒絕。

所有人或關係人規避、妨礙或拒絕前二項之檢查、查閱者，動物防疫檢疫人員得強制執行檢查、查閱。

動物所有人或管理人，於其動物因罹患或疑患動物傳染病或病因不明而死亡時，應向動物防疫機關報告；如在運輸中，應由運輸業者，向最初停止地之動物防疫機關報告。各該動物防疫機關接到報告時，應即派遣動物防疫人員前往驗屍，並指示燒燬、掩埋、消毒及其他必要處置。動物所有人或管理人要求時，應發給處置證明書。

屬於家庭副業之雞、火雞、鴨、鵝及其血緣相近之野生動物病死，數量在十隻以下者，其所有人得自行處理，不適用前項規定。但如遇動物傳染病流行時，直轄市或縣（市）主管機關得分區指定動物傳染病名稱及動物種類，隨時公告依前項規定處理，並應報請中央主管機關核備。

前項自行處理，係指以燒燬、掩埋或消毒等方式為之，不得銷售或任意棄置。

經中央主管機關指定公告之動物傳染病，中央主管機關對持有、使用相關感染性生物材料者，應建立管理制度。

持有、使用感染性生物材料者，應接受各級主管機關之輔導及查核，不得規避、妨礙或拒絕。

第一項感染性生物材料之範圍、持有與使用者之資格條件、實驗室生物安全管理方式、陳報主管機關事項及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

經中央主管機關指定公告之動物傳染病，其檢體之檢驗與報告及確定，應依下列規定辦理：

前項檢驗之委託、檢驗機構之資格要件、申請程序與效期、廢止與撤銷、檢體採樣、輔導、查核及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

直轄市或縣（市）主管機關，為防治動物傳染病之發生，得令動物防疫人員施行動物生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥，對已執行之動物或場所得附加記號、標示或證明文件等防治措施。必要時，得委託執業獸醫師施行前述措施，動物所有人或管理人不得故意破壞、偽造所附加記號、標示或證明文件。

前項防治措施，直轄市或縣（市）主管機關得視動物傳染病種類，令動物所有人或管理人聘請執業獸醫師為之或在執業獸醫師監督下執行。

動物所有人或管理人對於前項規定不為或不能為時，直轄市或縣（市）主管機關得令動物防疫人員或委託執業獸醫師執行第一項防治措施，並得收取費用；其收費標準，由直轄市或縣（市）主管機關定之。

動物防疫人員或執業獸醫師依第一項及第三項規定施行防治措施時，動物所有人或管理人應依其指示，控制動物之行動及提供其他必要協助，並不得規避、拒絕或妨礙。

直轄市或縣（市）主管機關應於施行第一項及第二項措施十日前，將施行目的、日期、區域、方法及動物種類等有關事項先行公告。但因緊急情況時，得縮短其公告時間或隨時施行之。

為清除特定之動物傳染病，中央主管機關得規定使用疫苗之種類、投與時機、附加標示、應繳交及申報相關文件或移動管制及其他應施行之防治措施，動物所有人或管理人、獸醫師、獸醫佐及動物用藥品販賣業者應依規定辦理。

前項疫苗使用、標示、申報、管制、期限及其他應遵行事項，由中央主管機關依動物傳染病或動物種類定之。

直轄市或縣（市）主管機關，為防治動物傳染病之發生，必要時應指定區域，令動物所有人或管理人，實施飼養場所及設備之消毒、飼養環境之改善、動物之隔離及病媒之驅除等措施。

為預防動物傳染病之傳播，動物運輸業者應實施運輸車輛及裝載箱籠之清洗、消毒措施。

前項動物運輸業者實施之清洗、消毒措施，由中央主管機關公告之。

裝載生鮮禽蛋，應使用一次性之裝載容器或包材。

以死亡畜禽為原料（以下簡稱化製原料），加工化製之場所（以下簡稱化製場），應遵行下列規定：

化製原料運輸車裝卸、載運化製原料時，應符合下列規定：

第一項所定化製場消毒設施與設備之設置、項目、消毒作業、契約應記載事項、查核、通報、前項運輸車消毒設備、防漏密閉設備、合格證之核發、有效期限、黏貼、換證、廢止合格證、查核、通報、化製原料裝卸、載運作業及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

獸醫師或獸醫佐於執行業務時，發現動物罹患、疑患或可能感染第六條第一項甲類動物傳染病或重大人畜共通之乙類、丙類動物傳染病時，應於二十四小時內向當地動物防疫機關報告。動物防疫機關接到報告時，應立即為必要之處置，並層報中央主管機關，其屬重大人畜共通之動物傳染病者，中央主管機關應即通知中央衛生主管機關。

前項及第二十條第三項所定重大人畜共通之動物傳染病，由中央主管機關會商中央衛生主管機關公告之。

動物所有人或管理人對於罹患或疑患動物傳染病之動物，應依動物防疫人員之指導，迅速隔離及為必要之措施。動物防疫人員並得審視動物傳染病之蔓延情勢，隨時禁止同場或同舍動物之移出，及該場以外之動物移入。

動物防疫人員為鑑定病因，得令疑患動物傳染病動物之所有人或管理人將其隔離繫養，期間不得超過十四日。但依動物傳染病之可能潛伏期間，有延長隔離繫養期間必要者，不在此限。

前項動物之隔離、繫養期間，動物防疫人員應通報動物保護檢查員，由其於符合生物安全條件下執行動物保護檢查。

動物防疫人員對於罹患、疑患或可能感染動物傳染病之動物及污染或可能污染動物傳染病病原體之設備、場所，應於報經該主管機關核准後，依下列規定處理之：

前項撲殺動物方式，於不妨礙防疫下，應以使動物產生最少痛苦之人道方式為之，並應視國際動物福利科學發展適時檢討修正。

第六條第一項乙類動物傳染病屬重大人畜共通之動物傳染病者，經中央衛生主管機關建議且動物防疫人員認有必要時，得將飼養場所動物準用第一項第一款規定處理之。

為供鑑定病因或學術研究，而經主管機關認可者，應依其指示辦理。

動物所有人或管理人宰殺罹患或疑患動物傳染病動物之前，應報告動物防疫人員，由動物防疫人員就其撲殺方法、場所等予以指示。

依前項之規定，負有行為義務而不為或不能為者，得由動物防疫人員執行或命第三人執行之，並向義務人徵收其費用。

各級主管機關認為防疫上有必要時，得公告採取下列各款措施：

前項第三款之檢查條件、程序、處置方式、收費基準、地點及其他應遵行事項之規則，由中央主管機關定之。

直轄市或縣（市）主管機關執行第一項各款規定時，應將經過情形報請中央主管機關備查，並通知有關鄰近地區主管機關。

應施檢疫物之輸入、過境或轉口，應於輸出入動物檢疫機關公告之港、站為之。

前項應施檢疫物及第三十三條第五項所定物品之檢疫，由輸出入動物檢疫機關或其委託之機關（構）或團體辦理，並應在輸出入動物檢疫機關指定之港、站、動物隔離場所或其他指定場所、區域行之。

輸出檢疫物需於輸出前進行產地檢疫者，動物防疫機關、輸出檢疫物之所有人或管理人應配合輸出入動物檢疫機關辦理；其檢疫程序、輸出登記及廢止、衛生管理、抽樣檢驗、疫情通報、查核、健康證明之核發與廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

輸入應施檢疫物於輸入後有必要進行追蹤檢疫者，由輸出入動物檢疫機關通知動物防疫機關辦理；其查核、飼養管理、通知、疫情通報、追蹤檢疫期間及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

輸出入動物檢疫機關對檢疫物執行檢疫時，有部分檢疫物經檢疫不合格者，應評定為整批不合格。但輸出入動物檢疫機關評估該批檢疫物彼此間無傳播動物傳染病及交叉污染之虞者，得個別認定其檢疫結果。

檢疫之結果，由輸出入動物檢疫機關通知輸入人、輸出人或其代理人。

檢疫不合格者，不得申請複檢。

中央主管機關為維護動物及人體健康之需要，應公告外國動物傳染病之疫情狀態，並就應施檢疫物採取下列檢疫措施：

中央主管機關尚未訂定檢疫條件之應施檢疫物，其輸入人應於輸入前，向中央主管機關申請發給個案檢疫條件，並依個案檢疫條件向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

第一項禁止輸入、過境或轉口、輸入檢疫同意文件之申請、檢疫條件、繳驗動物檢疫證明書或其他文件、隔離檢疫、前項之申請程序及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。

中央主管機關得因應國際間緊急疫情，指定公告應施檢疫物之檢疫疾病及檢疫措施。

物品未經中央主管機關依第五條第二項公告為應施檢疫物，而輸出入動物檢疫機關認為有傳播動物傳染病之虞者，得逕予強制執行檢疫，發現有傳播動物傳染病之虞時，得禁止該物品輸入、過境、轉口或為其他必要之處置。

應施檢疫物之輸入人或其代理人，應於應施檢疫物到達依第三十二條第一項規定公告之港、站時，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫，並依前條第三項所定準則繳驗輸出國檢疫機關發給之動物檢疫證明書或其他文件。但動物檢疫證明書經我國與輸出國雙方議定者，得以電子方式為之。

旅客或服務於車、船或航空器之人員攜帶應施檢疫物者，應於入境時依前項規定申請檢疫。

應施檢疫物不得以郵遞寄送輸入；其以郵遞寄送輸入者，應予退運、沒入或銷燬。收件人接獲郵遞寄送輸入之應施檢疫物時，應即送交輸出入動物檢疫機關銷燬。

應施檢疫物在未完成檢疫前，應維持原狀；未經輸出入動物檢疫機關核准，不得擅自破壞包裝、移動或為其他可能傳播動物傳染病之行為。

輸出入動物應受隔離檢疫者，動物之輸出入人或其代理人應於輸出入前，先向輸出入動物檢疫機關請准排妥動物隔離場所或其他指定場所後，始得輸出入。

應受隔離檢疫動物之輸入人或其代理人，應依動物檢疫人員指示，於指定期間內將動物送至動物隔離場所或其他指定場所隔離檢疫。

動物隔離期間，非動物檢疫人員未經輸出入動物檢疫機關許可，不得擅自出入動物隔離場所或其他指定場所。在隔離期間，該動物、相關檢疫物及藥品，非經動物檢疫人員檢查許可，不得移出或移入。

動物隔離期間，經診斷為罹患或疑患動物傳染病者，輸出入動物檢疫人員得依實際情況採取必要之處置。有立即處理之必要者，得逕行處理，並發給輸出入人或其代理人處置證明書。

輸入應施檢疫物有下列情形之一者，輸出入動物檢疫機關得按其情節，為必要之處置：

前項必要之處置如下：

應施檢疫物過境或轉口前，應由所有人或其代理人，或管理人先向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

應施檢疫物非以輸入為目的而進儲自由貿易港區者，其申請檢疫之程序或應檢附之文件，得予簡化；其辦法，由中央主管機關會商自由貿易港區主管機關定之。

應施檢疫物輸入或過境、轉口卸貨前，動物檢疫人員於必要時，得在車、船或航空器內先行檢疫。動物檢疫人員執行檢疫時，發現檢疫物罹患、疑患或可能感染動物傳染病，或有傳播動物傳染病之虞時，得對該檢疫物及車、船或航空器採取必要之處置。車長、船長、機長、管理人或其職務代理人不得規避、妨礙或拒絕。

動物在運輸途中罹患或疑患動物傳染病死亡者，該運輸車、船或航空器進入港、站時，其車長、船長、機長、管理人或其職務代理人於起卸貨物前，應先向動物檢疫人員報告，並依其指示執行必要之處置。

航海中依第二十五條規定處理者，應詳記航海日誌，以備入港時接受動物檢疫人員之查詢。

輸入人或其代理人未依第三十四條第一項規定申請檢疫者，除依第四十三條第十一款規定處罰外，輸出入動物檢疫機關應令其採取必要之處置。

輸出檢疫物有下列情形之一者，應由輸出人或其代理人申請檢疫，經輸出入動物檢疫機關檢疫合格並核發輸出動物檢疫證明書後，始得輸出：

無前項各款所定情形而申請輸出檢疫者，輸出入動物檢疫機關不予受理。

第一項證明書經我國與輸入國雙方議定者，得以電子方式為之。

依本條例規定，由動物防疫人員施行生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥而致死或流產，或撲殺之動物及銷燬之物品，除其所有人或管理人違反第十二條第一項之規定或未依動物防疫人員之指導者不予補償外，該管直轄市、縣（市）主管機關應組織評價委員會，評定其價格，並依下列基準發給補償費：

前項評價委員會之組成人員及評價標準，由中央主管機關定之。

輸出入檢疫時依第一項第二款至第五款處理之動物或物品，或隔離留檢期間死亡之動物，不發給補償費。

第一項各款補償費，由直轄市或縣（市）主管機關負擔。但中央主管機關得予補助。

擅自輸入第三十三條第一項第一款規定禁止輸入之應施檢疫物者，處七年以下有期徒刑，得併科新臺幣三百萬元以下罰金。

前項禁止輸入之應施檢疫物，不問屬於何人所有，輸出入動物檢疫機關得於第一審法院宣告沒收前逕予沒入。

法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其他從業人員，因執行業務，犯第一項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以第一項之罰金。但法人之代表人或自然人對於犯罪之發生，已盡力為防止行為者，對該法人或自然人，不予處罰。

運輸工具所有人有前條第一項所定行為或因其故意或重大過失致使第三人以其運輸工具從事該項行為，而散播特定種類動物傳染病或有散播之虞者，其運輸工具應予沒入。

明知該運輸工具有前項情事，而仍取得所有權者，亦同。

第一項動物傳染病之特定種類，由中央主管機關公告之。

第一項之沒入，由查緝機關為之。

有下列情形之一者，處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得限期令其改善，屆期未改善者，得按次處罰之：

有前項各款所定行為致疫情蔓延或散播者，處三年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣一百萬元以下罰金。

法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其他從業人員，因執行業務，犯前項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以前項之罰金。但法人之代表人或自然人對於犯罪之發生，已盡其防止義務時，對該法人或自然人，不予處罰。