本處總隊長綜理處務，副總隊長襄理之，並設下列各組、中心、大隊、室
：
一、飛安組。
二、機務組。
三、航勤組。
四、勤務指揮中心。
五、勤務大隊。
六、秘書室。
七、人事室。
八、會計室。
九、政風室。

飛安組職掌如下：
一、飛行與地面安全制度之規劃、督導及考核執行事項。
二、飛行與地面安全事件預防措施之擬訂及執行事項。
三、飛行與地面安全教育之擬訂及執行事項。
四、飛行與地面安全管理之規劃及執行事項。
五、飛行與地面安全監理之規劃、督導及執行事項。
六、飛行與地面安全事件調查及改進建議事項。
七、飛行與保修人員考核計畫之擬訂及督考事項。
八、飛行組員身心保健事項。
九、相關飛安會議之召開及參加事項。
十、國內外相關單位飛安資訊之交流事項。
十一、其他有關飛行及地面安全業務事項。

機務組職掌如下：
一、飛機修護制度之規劃、督導及執行事項。
二、飛機性能提昇及更新計畫之擬訂事項。
三、飛機委外修護之規劃及督導事項。
四、航材、工具補給申請之規劃、督導及執行事項。
五、航空油料及附屬油料處理事項。
六、預防保養計畫規劃事項。
七、修護訓練之規劃、督導及執行事項。
八、飛機意外事件之機骸處理事項。
九、技術通報與其他技術書刊之管理及運用事項。
十、其他有關機務業務事項。

航勤組職掌如下：
一、航務制度之規劃、督導及執行事項。
二、飛航教育訓練之規劃及執行事項。
三、飛航作業協調事項。
四、航務手冊研訂事項。
五、支援其他機關例行性勤務之規劃及督導事項。
六、支援其他機關年度演習、訓練之規劃及督導事項。
七、其他有關航勤業務事項。

勤務指揮中心職掌如下：
一、空中勤務指揮作業制度之規劃、督導及執行事項。
二、各種空中勤務之指揮、調度、管制及聯繫事項。
三、受理緊急申請航空器之處理事項。
四、支援重大災害 (難) 之搶救及通報事項。
五、通 (資) 訊系統之規劃、執行、研究及協調事項。
六、通報資料之整理、分析及保管事項。
七、其他有關勤務指揮中心業務事項。

勤務大隊職掌如下：
一、執行及支援空中救災、救難、救護、觀測偵巡、運輸事項。
二、所屬各隊勤業務之督導考核事項。
三、所屬各隊人員之管理事項。
四、所屬各隊機務調派之建議事項。
五、其他有關勤務大隊勤業務事項。

秘書室職掌如下：
一、本處主管會報之議事管理事項。
二、本處工作報告、文電、簡報、行事曆及年鑑之撰擬、彙編事項。
三、本處重要方案及施政計畫之撰編、考核事項。
四、本處研究發展業務之推展事項。
五、民意機關、監察機關之協調聯繫及質詢案件之處理事項。
六、公共關係及新聞發布事項。
七、印信典守事項。
八、事務管理規則規定之文書處理及檔案管理事項。
九、事務管理規則規定之出納、財產、物品、車輛、辦公處所、宿舍及工
友之管理事項。
十、辦公廳舍營繕之督導及執行事項。
十一、關於本處法規之制 (訂) 定、修正、廢止、整理及編纂事項。
十二、國家賠償事件之處理事項。
十三、其他不屬各組室之職掌事項。

人事室職掌如下：
一、組織編制、員額配置及人力調配之運用事項。
二、職員陞遷考核、派免遷調、銓審動態及請任案件之擬辦事項。
三、各職務之設置、歸系、撤銷、異動及管理事項。
四、人事機構之設置、員額編制之規劃、調整及人事人員之人事管理事項
。
五、本處分層負責之規劃、執行、督導及考核事項。
六、工作簡化之規劃、執行、督導及考核事項。
七、人才儲備及員額評鑑事項。
八、職員平時考核、獎懲及考績之擬辦事項。
九、職員差假、待遇、福利、互助、配給、加給及各項補助事項。
十、職員意見及反映之處理事項。
十一、職員退休、資遣、保險、撫卹及慰問事項。
十二、員工體育、文康及團體活動之規劃事項。
十三、人事資料管理、登記、查報、統計分析及表報之編報事項。
十四、本處人事法規之研擬、修正、解釋及人事革新之建議事項。
十五、其他有關人事管理事項。

會計室職掌如下：
一、本處歲入、歲出預 (概) 算之籌劃及擬編事項。
二、本處歲入、歲出分配預算之彙編及核轉事項。
三、本處預備金動支之申請、審核及核轉事項。
四、專案動支經費與中央統籌科目經費之申請、審核及核轉事項。
五、本處歲入、歲出追加 (減) 預算之擬編及核轉事項。
六、歲入、歲出預算之執行控制及審核事項。
七、本處經費留用及歲出應付款之申請事項。
八、暫收款、代收款、暫付款及保管款之登記、審核事項。
九、本處營繕工程及購置、訂製、變賣財物之招標、比價、議價及訂約、
驗收、驗交之會同監辦事項。
十、歲入、歲出各種帳簿之登記及結算事項。
十一、委託或受委託款項各種原始憑證之查核及送審事項。
十二、財產物品之增減統制紀錄事項。
十三、本處歲入、歲出分決算之編審及核轉事項。
十四、本處財務案件之查核事項。
十五、公務統計考察之實施事項。
十六、國內、國外統計資料之彙轉事項。
十七、專案統計調整之訂定。
十八、本處會計人員之人事管理事項。
十九、其他有關歲計、會計及統計事項。

政風室職掌如下：
一、政風工作之綜合規劃及研究事項。
二、政風法令之擬訂及宣導事項。
三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、政風興革之建議事項。
五、本處政風狀況之評估及研析事項。
六、政風訪查及問卷調查等事項。
七、政風考核獎懲之建議事項。
八、公務機密之維護事項。
九、預防危害或破壞本機關事件及協助處理陳情、請願事項。
十、公職人員之財產申報事項。
十一、監辦採購事項。
十二、辦理違反公職人員利益衝突迴避事項。
十三、本處政風人員之人事管理事項。
十四、其他有關政風事項。