保稅倉庫之監管海關得派遣關員定期或不定期前往保稅倉庫稽核保稅貨物。

貨物進出保稅倉庫，應在海關規定之辦公時間內為之。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫或有特殊情形經海關核准者，不在此限。

外貨進儲保稅倉庫，應由收貨人或提貨單持有人填具外貨進儲保稅倉庫申請書，由倉庫業者憑電腦放行通知或進儲准單會同監視關員核對標記及數量無訛後進倉。但專供飛機用之燃料、物料、客艙用品或修護器材，得經海關核准先行卸存保稅倉庫，於進倉之翌日起三日內補辦進儲手續。

存儲保稅倉庫之貨物，海關認有必要時，得查驗之。

自用保稅倉庫自科技產業園區、科學園區及農業科技園區區內保稅倉庫以外之事業、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心購買保稅貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

自用保稅倉庫自課稅區廠商購買供重整用之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

自用保稅倉庫自保稅工廠、科學園區、農業科技園區、科技產業園區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商購買貨物，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證點收進倉登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。

前項由課稅區廠商售與自用保稅倉庫之保稅貨物，在未補辦通關手續前不得出倉，如有先行出倉之必要者，應留存貨樣，以供報關時查核。

已繳稅進口之貨物或國產貨物進儲供展覽物品之保稅倉庫參展時，應檢具清單，附加標記，列明廠牌、貨名、規格數量，報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後進倉。參展完畢退運出倉時，應持憑原清單報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後出倉。

未繳稅貨物參展完畢申請轉入同一關區之保稅倉庫儲存時，應依第四十七條規定辦理轉儲手續。

保稅倉庫存儲之貨物應將標記朝外，按種類分區堆置，並於牆上標明區號，以資識別。但保稅倉庫存儲之展覽品，報經海關核准者，不在此限。

經海關核可之電腦控管自動化保稅倉庫得不受前項之限制，其貨物應以每一棧板為單位分開堆置，並於貨架上標明區號以資識別。但同一棧板上不得放置不同提單之貨物。

保稅倉庫經核准辦理重整業務者，應將重整前後之貨物，以不同倉間分別存儲。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫，得在同一倉間分區堆置。

貨物之包件過重或體積過大或有其他特殊情形者，得經海關核准，存儲保稅倉庫之露天處所，其安全與管理，仍由倉庫業者負責。

前項露天處所須鄰接已登記之倉庫。但鄰接之土地如因政府徵收而被分割者，不在此限。

自用保稅倉庫將保稅貨物售予保稅工廠、科學園區、農業科技園區、科技產業園區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。

自用保稅倉庫申請按月彙報者，應依下列規定辦理：

外貨或國產保稅貨物進倉，保稅倉庫應簽收貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）（以下簡稱運送單），並將已簽章之運送單簽收聯回傳起運地點。

保稅倉庫存儲之保稅貨物憑電腦放行通知、出倉准單或交易憑證申請出倉時，應開立運送單。

保稅貨物出倉出口或運往保稅區，保稅倉庫接獲回傳之運送單簽收聯時，應辦理核銷備查。

前項情形，保稅倉庫未接獲回傳之運送單簽收聯時，應聯繫追蹤確認貨物運抵目的地時間，並註記於存查聯。

保稅貨物進倉資料已登錄於貨櫃（物）動態資料庫或經海關派員押運者，得免依前項規定辦理。

運送單及交易憑證，應保留其存查聯，以備海關查核。

保稅倉庫存儲之外貨出倉進口後，發現品質、規格與原訂合約不符，由原保稅貨物所有人或倉單持有人負責賠償或調換者，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，其免徵關稅準用關稅法第五十一條規定辦理。

存儲保稅倉庫之外貨供應科技產業園區或科學園區、農業科技園區、保稅工廠，退貨再存儲者，其二年期限之起算日期應自該批貨物原進儲時起算。

經營國際貿易之運輸工具專用燃料、物料之保稅倉庫，為供應其所屬公司之輪船或飛機行駛國際航線使用燃料、物料，由輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者填具報單，送由海關核發准單後，派員押運或監視加封裝上船舶或航空器。但專供飛機用之燃料、物料或修護器材，得經海關核准先行出倉裝機，於出倉之翌日起三日內補辦出倉手續。

經海關核准專供航行國際航線飛機用品之保稅倉庫，其存倉物品為應其所屬航行國際航線飛機之頻繁提用，除特殊情形經海關責令仍應依航機班次以逐批申報方式通關外，得先行申辦退運出口手續，在未裝機退運出口前應依海關規定置於放行貨物倉間，仍受海關監管，得酌情不加聯鎖。但應憑理機關員簽證實際使用數量，按月列報海關。

依前項規定置於放行貨物倉間之機上販售商品（含菸酒），自最初進儲保稅倉庫之日起算二年內未售出者，業者應於期間屆滿前另填具報單申報回儲保稅倉庫。

第二項保稅倉庫儲存之修造飛機用物料，得向海關申請核准辦理外修，並由業者填具切結書，期間以六個月為限。但因事實需要，期限屆滿前得向海關申請延長，展延期限不得超過六個月，並以一次為限。

第一項供國際航線修造飛機之物料售與（含視為銷售）因維修需求之國內航空業者，該物料所屬之保稅倉庫如係經海關核准自主管理之保稅倉庫，得准按月彙報，先憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續。

由保稅倉庫提領貨櫃修護材料出倉以供修護貨櫃之用時，除應填具報單外，並應填具貨櫃修護明細表一式三份，向海關報明下列事項，經核明發給准單，於繳納稅款保證金或由授信機構擔保應繳稅款後，暫提出倉：

暫提出倉之修護材料於貨櫃修護完工報經海關查核無訛者，視同退運出口，退還所繳保證金或沖銷原擔保稅款額度。其修護之工作期間以一個月為限，如有特殊原因得申請延長一個月，逾期未能完工者，以保證金抵繳稅款或向授信機構追繳其進口稅捐（費）。

存儲貨櫃修護材料之保稅倉庫與貨櫃修護廠設立在港區內之同一地點者，得請領一定期間使用量之修護材料於繳納保證金後暫提出倉，存入修護廠內自行保管使用，但應按日填報貨櫃修護材料使用動態明細表一式三份，列明每日耗用量及結存量等，經海關關員核對無訛予以簽證後，於原核定使用量之範圍內再辦理報關提領補充，免予另行繳納保證金。如使用之貨櫃修護材料減少，可將減少之材料詳列清單，載明材料名稱、數量，申請核退溢繳之保證金。

依前項規定暫提出倉存入修護廠內自行保管使用之修護材料，其修護工作期間不受第二項規定之限制，但必要時海關得隨時派員抽查。

修理貨櫃所拆下之舊料應退運出口，其不退運出口者，應補繳進口稅捐或報請海關監視銷毀。

保稅貨物得依下列方式辦理重整：

前項貨物之重整應受下列限制：

貨物所有人或倉單持有人於保稅倉庫內重整貨物前，應向海關報明貨物之名稱、數量、進倉日期、報單號碼、重整範圍及工作人員名單，經海關發給准單後，由海關派員駐庫監視辦理重整。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設於科技產業園區之保稅倉庫，得免派員監視。重整貨物人員進出保稅倉庫，海關認有必要時，得依海關緝私條例第十一條規定辦理。

自用保稅倉庫得經監管海關核准，將保稅貨物運出保稅倉庫辦理檢驗、測試。辦理時應逐筆詳細登載貨物之名稱、單位、規格、數量及進出倉時間。必要時，海關得隨時派員查核。

供免稅商店銷售用之貨物，得依前項規定辦理維修。

第一項貨物應於三個月內運回，必要時得於期限屆滿前申請延長一次。但合計不得超過六個月。

保稅倉庫存儲科技產業園區區內事業、科學園區園區事業、農業科技園區園區事業、保稅工廠、物流中心或其他保稅倉庫加工、製造或重整之國產保稅貨物時，應由貨物持有人或買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。

保稅倉庫存儲之重整貨物，其貨物所有人或倉單持有人為重整貨物，需向國內課稅區廠商、保稅工廠、物流中心、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業或農業科技園區園區事業採購原材料、半成品或成品時，應由買賣雙方聯名填具報單向海關申報進倉。

保稅工廠售予保稅倉庫供修護貨櫃或貨盤用材料，得依前項規定辦理。

依前三項規定進儲保稅倉庫之材料，因故退出保稅倉庫者，應報請海關核發准單，經驗明無訛後放行。

保稅貨物於重整後，申請出倉退運出口者，海關應按重整前（即進倉時）之貨物狀況准予銷帳。

前項貨物如有使用國產貨物者，應依退運出口時，貨品輸出有關規定辦理，修理貨櫃或貨盤如有使用國產貨物者亦同。

保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅。

專供存儲免稅商店銷售貨物之自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於貨物通關放行後，由出口人向海關申請核發出口報單副本，憑以辦理沖退稅。

前項自用保稅倉庫自課稅區進儲國產貨物之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，出口人已領有出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅者，應補徵已沖退稅款，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲逾三個月之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨物進儲時形態課稅。

保稅貨物於重整過程所產生之損耗，經海關核明屬實者，准予核銷。

保稅貨物於重整過程中所發生之廢料，有利用價值部分，應依法徵免稅捐進口；無利用價值者，由海關監督銷毀。

保稅倉庫存儲之保稅貨物，其存倉期限以二年為限，不得延長。但如係供應國內重要工業之原料、民生必需之物資、國內重要工程建設之物資或其他具有特殊理由經海關核准者，不在此限。

保稅貨物，如不在前項規定之存倉期間內申報進口或退運出口，自存倉期限屆滿之翌日起，依關稅法第七十三條第一項規定加徵滯報費，滯報費徵滿二十日，仍不申報進口或出口者，準用同條第二項規定處理。

保稅貨物存倉未滿二年，如經所有人或倉單持有人以書面聲明放棄，依關稅法第九十六條規定處理。

保稅倉庫存儲之保稅貨物，有下列情形之一者，得轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心，由原進儲人或買賣雙方聯名填具保稅貨物轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心申請書向海關申請辦理：

前項第四款至第七款情形，如係轉儲同一通商口岸之其他保稅倉庫者，應事先申請海關核准。

第一項保稅貨物如係重整後申請出倉轉儲者，應於報單申報貨物重整後之名稱、規格、數量及海關核准之重整案號，並應檢附核准重整之文件，以供海關審核。

保稅貨物於保稅倉庫間轉儲，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。

自保稅倉庫轉儲物流中心或自由貿易港區之保稅貨物再轉儲至保稅倉庫者，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。

保稅倉庫業者應依海關規定，設置存貨簿冊經海關驗印後使用，對於貨物存入、提出、自行檢查或抽取貨樣，均應分別詳實記載於該簿冊內。海關得隨時派員前往倉庫檢查貨物及簿冊，必要時，得予盤點，倉庫業者及其僱用之倉庫管理人員應予配合。

前項倉庫業者因登帳所需之進倉或出倉貨物之報單號碼、報單別、項次、貨名、數量、單位等資料，存倉或出倉申請人應據實提供。

保稅倉庫經核准辦理重整業務者，依第一項規定設置簿冊，應按國外進口貨物、國產保稅貨物、其他非保稅貨物及重整後成品貨物，分別設置存貨帳冊。

保稅倉庫存儲展覽物品依第一項規定設置之簿冊，應詳列各項參加展覽物品之參展廠商、貨名、規格、數量等資料，並註明展示陳列位置，以備查核，但展覽期限短暫，參展貨物繁多者，得向海關申請，以核發之進口報單副本按序裝訂成冊代替。

保稅貨物進出保稅倉庫，應於進、出倉之翌日起二日內登列有關帳冊。

保稅倉庫之帳冊、表報、進出倉單據，得經監管海關同意，以電腦處理。但應按月印製替代存貨簿冊之表報，於次月二十日以前報請海關驗印備查。

保稅倉庫以電腦連線方式處理其帳務及貨物控管，可供海關遠端查核者，其帳冊、表報、進出倉單據得免報請海關驗印。

前二項之表報及帳冊得經監管海關核准，以電子媒體儲存。

保稅倉庫存儲之貨物應由倉庫業者負保管責任，如有損失，除依第四十九條規定辦理者外，倉庫業者應負責賠繳應納進口稅捐（費）。

存倉貨物之是否保險，對業經完稅而存倉未提貨物之處置，及貨物所有人或倉單持有人與保稅倉庫業者間之其他有關事項，概與海關無涉。