活魚運搬船限運搬與該船漁業人簽訂共同合作運搬同意書之養殖漁民自行生產之養殖活魚。

前項活魚運搬船運搬石斑魚至大陸或香港地區，其生產之養殖場，應以經直轄市、縣（市）主管機關對其生產作業管理事項審核通過，並經中央主管機關登錄合格名單者為限。

活魚運搬船之國內裝卸港口，以臺南市安平漁港、臺南市將軍漁港、高雄市旗津漁港、高雄市興達漁港、屏東縣東港鹽埔漁港、屏東縣枋寮漁港、屏東縣小琉球漁港、澎湖縣馬公漁港、澎湖縣七美漁港及澎湖縣竹灣漁港為限。但中央流行疫情指揮中心宣布大陸或香港地區為旅遊疫情建議等級第三級警告地區時，依下列規定辦理：

活魚運搬船運搬養殖活魚至臺灣本島及澎湖以外地區者，以大陸或香港地區為限。

活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸地區者，應依臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法規定，申請航行至大陸地區之許可。

活魚運搬船自大陸或香港地區回航時，不得裝載任何物品，並應直接航行至原出港之漁港進港及接受海巡機關檢查，航行中不得靠岸或停靠海上箱網養殖地點。

有第一項但書規定情形時，活魚運搬船漁業人及漁業從業人應遵守中央主管機關依中央流行疫情指揮中心指揮官指示，實施應變處置或措施。

前項應變處置或措施，由中央主管機關公告之。

漁業人或漁船有下列情形之一者，不得申請漁船作為活魚運搬船：

前項第一款所稱走私案件，不包括運搬養殖魚貨出口者。

申請漁船作為活魚運搬船之漁業人，應填具申請書並檢附下列文件向主管機關申請籌辦許可，經審查通過後，發給籌辦許可文件：

前項漁船須改造船體者，應依本法施行細則第六條規定申請漁船改造。

經核准改造作為活魚運搬船者，其改造後增加之噸數得免補足汰舊噸數，且日後申請汰建資格時，不納入汰舊噸數之計算；另丈量後總噸位超過一百時，免取得改造後規模級別之汰建資格，其日後汰建時，汰建資格之規模級別與原取得之汰建資格相同。

第一項籌辦許可期間為六個月。

申請漁船作為活魚運搬船應裝設經中央主管機關指定之船位回報器（VMS）。

前項活魚運搬船應備妥至少一套船位回報器備品。

船位回報器識別碼有異動時，漁業人應以書面方式通知財團法人中華民國對外漁業合作發展協會，並副知中央主管機關。

漁業人應於籌辦許可期間內，檢附下列文件向主管機關申請作業許可，經審查通過後，發給作業許可文件：

漁業人依前項第一款規定應於駕駛室外觀標識養殖活魚運搬船字樣之規格如附件一。

主管機關發給第一項作業許可文件，應於申請人之特定漁業執照上加註許可從事養殖活魚運搬業務之起迄期間，及該期間內不得從事原特定漁業，並副知海岸巡防機關、中央主管機關及第四條第一項所定國內裝卸港口之主管機關。

第一項作業許可期間，不得逾原領特定漁業執照有效期間。

漁船運搬養殖活魚至國內裝卸港口或海上箱網養殖地點者，前條第一款裝卸清單應填報內容如下：

前項第二款共同合作運搬同意書及第八款養殖活魚藥物殘留檢驗合格報告文件應上傳資訊系統；第八款之檢驗合格報告應註明資訊及檢驗項目如附件二。

漁船運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，第十條第一款裝卸清單應填報內容如下：

前項第二款共同合作運搬同意書、第七款及第八款養殖活魚藥物殘留檢驗合格報告文件應上傳資訊系統；第七款及第八款之檢驗合格報告應註明資訊及檢驗項目同附件二。

第十一條第一項第八款漁船運搬養殖活魚目的為國內上市或前條運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，活魚運搬船漁業人與養殖漁民，應就運搬養殖活魚共同封緘各自留樣，並自活魚運搬船出港日起凍存三個月，以供主管機關檢驗，不得規避、妨礙或拒絕。

出港前，活魚運搬船漁業人及漁業從業人應配合主管機關或其委託之機關（構）抽樣檢驗當航次所運搬養殖活魚、船艙及活魚運搬車之艙水，不得規避、妨礙或拒絕。

活魚運搬船所運搬養殖活魚經檢驗不合格者，暫不受理活魚運搬船漁業人申請裝卸清單，俟釐清不合格案件之養殖活魚來源後，始得恢復受理。

主管機關為釐清前項不合格案件之案情，得於必要時進行調查，活魚運搬船漁業人及養殖漁民應予配合，不得規避、妨礙或拒絕。

活魚運搬船出港後，應於資訊系統上傳活魚運搬船漁業人與養殖漁民簽訂之共同合作運搬養殖活魚紀錄表（附件三）並辦理核銷作業，經中央主管機關審核通過後，始得申請下航次裝卸清單。

活魚運搬船屬第十一條第一項第八款漁船運搬養殖活魚目的為國內上市或第十二條運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，除前項應檢附文件外，並應另上傳依第十三條第一項規定辦理留樣魚貨之照片。

活魚運搬船每航次出港前，應向農業部漁業署漁業監控中心（以下簡稱監控中心）通報及確認船位回報正常，始得出港。

活魚運搬船出港後，應維持船位回報器於開啟狀態，及至少每小時自動回報船位；返港後如需關閉船位回報器，應向監控中心通報後始得關閉。

船位回報器故障時，應向中央主管機關申報使用備品；其備品亦故障時，經中央主管機關許可，得借用他船之船位回報器備品。

監控中心連續四次未收到船位回報資料時，中央主管機關應命該活魚運搬船限期返港修復，在未返港前，並命該船船長應以衛星電話每二小時向監控中心通報船位；進港後未完成修復船位回報器前，不得出港。

活魚運搬船漁業人自行終止活魚運搬業務，或作業許可期間屆滿後，不繼續從事活魚運搬業務時，應依本法施行細則第六條規定完成漁船改造後，始得重新申請換發原特定漁業執照。

前項總噸位未滿一百之漁船經改造後超過一百者，應回復至總噸位未滿一百。