醫務管理處掌理下列事項：
一、國軍軍醫軍官、士官經歷管理政策之研究、執行、督導及員額補充作
業事項。
二、本局及所屬機構人員人事業務之督導與執行事項。
三、綜辦國防部各種會議裁指示回報與管制業務事項。
四、本局及所屬機構文書、檔案、史政、準則與法規修編作業之督導及管
制事項。
五、本局及所屬機構一般進修教育之審議及督導事項。
六、綜理本局及所屬機構工兵、通信、經理、兵公、營產、設施工程等後
勤業務之管制、督導及執行事項。
七、本局及所屬機構政戰法令宣導與政戰業務之策劃、督導及執行事項。
八、一般軍風紀、貪瀆 (風氣) 案件、輿 (檢) 情暨官兵違紀犯法、傷亡
事件防 (查) 及單位個人財產申報作業事項。
九、執行保防 (密) 教育工作、「正義專案」規定執行及人員安全查核工
作事項。
十、綜理軍醫局及其所屬機構五年施政工作計畫等事項。
十一、其他有關醫務管理事項。

醫務計畫處掌理下列事項：
一、軍醫政策、制度之規劃及策訂事項。
二、軍醫組織編裝 (含組織再造) 之規劃、核議及督導事項。
三、國軍醫療機構經營機制與績效管理之規劃、核議及督導事項。
四、本局及所屬機構中、長期發展計畫之核議及督導事項。
五、國軍生產及服務作業基金醫療作業之規劃、核議及督導。
六、國軍醫勤獎助金之規劃及核議事項。
七、國軍衛生統計相關業務之規劃、管理及督導事項。
八、全民健康保險醫療業務之協調、督導及執行事項。
九、本局及其所屬機構醫務資訊作業之規劃及督導事項。
十、綜理研考業務事項。
十一、其他有關醫務計畫事項。

醫療保健處掌理下列事項：
一、國軍醫療專業政策之策訂、核議及督考事項。
二、國軍各項體檢及選兵醫學業務策訂、審議及督考事項。
三、軍醫人員專業教育、進修、講習及參訪之規劃、核議及督導事項。
四、國軍航空、潛水醫學及軍陣醫學政策之規劃及督導事項。
五、國軍醫學研究、醫療科技之核議及督導事項。
六、國軍預防保健全般業務之規劃、核議及督導事項。
七、國軍醫療服務、陳情與糾紛之協處及督導事項。
八、國軍醫院業務輔導與評鑑作業之規劃、督導及執行事項。
九、國軍優良醫護人員選拔及表揚之規劃及執行事項。
十、其他有關醫療保健事項。

藥政管理處掌理下列事項：
一、國軍平、戰時衛材補給、醫療裝備整備、保修政策之規劃、核議及督
導事項。
二、國軍藥品、衛材、醫療裝備及保修之管理與籌補作業策訂及督導事項
。
三、國軍藥品、衛材、醫療裝備戰備動員計畫之規劃、核議及督導事項。
四、國軍衛材補給、醫裝管理、保修作業各項手冊修編及印頒事項。
五、國軍年度藥品、衛材、保修施政計畫之編訂、執行及督導事項。
六、國軍醫療被服籌補之購案審議及作業督導事項。
七、國軍衛材補給、醫療裝備管理資訊化之系統管理與維護作業政策之規
劃及督導事項。
八、國軍藥事作業之規劃及督導事項。
九、軍醫裝備汰除與廢舊不適用物資處理作業之督導事項。
十、其他有關藥政管理事項。

衛勤整備處掌理下列事項：
一、國軍衛生勤務政策之規劃及督導事項。
二、國軍衛生勤務支援與衛生教育計畫策訂及督導事項。
三、國軍衛生部隊指揮、運用事項之核議及督導事項。
四、國軍衛勤戰備整備作業之督導事項。
五、國軍傷患調節業務及國軍災害防救、大量傷患演練之督導事項。
六、國軍衛生動員之規劃及督導事項。
七、本局所屬機構人員及物力動員計畫之核議及督導。
八、國軍衛勤準則編修審查、督導及考核事項。
九、國軍績優基層衛生單位選拔事項。
十、其他有關衛勤整備事項。

主計室掌理下列事項：
一、本局及所屬各軍醫單位主計人員任職管制事項。
二、年度施政計畫與預算編審暨分配管制執行事項。
三、國軍生產及服務作業基金–醫療作業會計事務處理及作業規定研修訂
頒事項。
四、附屬單位概 (預) 、決算、估計、績效及會計月報表編報事項。
五、現金收支會計帳務處理及代收款計畫之審核事項。
六、對所屬單位主計業務督導及內部審核案件之處理事項。
七、其他有關主計事項。