主計室掌理下列事項：
一、本局及所屬各軍醫單位主計人員任職管制事項。
二、年度施政計畫與預算編審暨分配管制執行事項。
三、國軍生產及服務作業基金–醫療作業會計事務處理及作業規定研修訂
頒事項。
四、附屬單位概 (預) 、決算、估計、績效及會計月報表編報事項。
五、現金收支會計帳務處理及代收款計畫之審核事項。
六、對所屬單位主計業務督導及內部審核案件之處理事項。
七、其他有關主計事項。