審核機關受理第十二條、第十八條、第二十四條、第二十七條、第二十八條及第三十條規定之申請，應依下列程序完成審查，且審查範圍不得及於申請項目或內容以外之事項，並將審查結果作成准駁決定：

前項審查於必要時，審核機關得延長實質審查期限十五日；受理第一類固定污染源設置、操作許可證之申請，其實質審查期間得延長三十日；受理符合第十四條或第十五條規定固定污染源之設置許可證申請，其實質審查期間得延長四十五日。

審核機關實質審查下列申請，應進行現場勘查：

第一項申請屬設置或操作許可證者，審核機關應於公私場所完成繳費翌日起，將申請資料公開於中央主管機關指定之網站七日，於資訊公開結束翌日，開始實質審查。但因許可證異動重新申請或許可證展延者，不在此限。

審核機關受理固定污染源設置及操作許可證申請時，下列申請文件應經環境工程技師或其他相關專業技師簽證，且經簽證後得免再審查：

前項經環境工程技師查核之簽證文件，核發機關免再審查之規定，有下列情形之一，審核機關仍應審查：

審核機關得調閱依環境工程技師簽證規則規定彙訂而成之工作底稿影本。

審核機關依第三十一條第一項第二款通知公私場所審查結果，屬申請操作許可證或燃料使用許可證者，審核機關應併同通知辦理下列程序：

審核機關應於公私場所依前項通知執行試車或空氣污染物排放檢測期間進行現場勘查。

審核機關應於收到公私場所提報空氣污染物排放檢測報告後十五日內完成審查，必要時得延長十日。

審核機關受理各項許可證申請文件，經審查符合第三十一條至第三十三條規定者，應於完成審查後十四日內完成證書製作並通知公私場所繳納證書費及領取許可證。

審核機關依前項規定通知公私場所領取操作許可證者，應令公私場所檢具目的事業主管機關核准設立、登記或營運之許可文件，始得核發。

審核機關審查許可證展延，應依本法第三十條規定辦理，除符合本法第三十條第四項規定情形得據以變更外，不得變更第二十一條第一項第三款操作許可內容及第二十五條第一項第三款燃料使用許可內容。

前項變更，包含審核機關以任何形式之處分規範公私場所，增加或減少操作許可內容所記載主要原（物）料、燃料之種類、成分及用量、產品產量及其操作條件、操作期程、空氣污染防制設施之種類、處理容量、處理效率及操作條件、主要污染物之核定年許可排放量、監測、定期檢測及申報之頻率及項目；及增加或減少燃料使用許可內容所記載之主要原（物）料、燃料之種類、成分及用量、產品產量及其操作條件、操作期程、空氣污染防制設施之處理容量、處理條件及操作條件等許可內容。

審核機關受理下列申請時，應依原許可證期限核定：

前項申請期間於原許可證期限屆滿前三至六個月內者，公私場所得併同提送許可證展延申請，審查與補正日數分別計算。

審核機關依第三十六條通知公私場所限期補正，屆期未補正或超過總補正日數者，應駁回其申請。屬第三十六條第三款至第六款規定文件，公私場所於期限內已補正而仍不合規定者，審核機關得再通知限期補正，總補正次數以三次為限，屆滿三次仍不合規定者，應駁回其申請。

審核機關依第三十六條規定命補正日數不算入許可證審查期間內，且其總補正日數規定如下：

審核機關受理公私場所依第二十九條第一項許可證換發或補發之申請，其申請文件不合規定或內容有欠缺者，應駁回其申請。

公私場所執行試車計畫或空氣污染物排放檢測計畫期間有下列情形之一者，審核機關應令公私場所改善、停止試車或檢測：

有前項第一款情形，經公私場所改善完成者，得繼續試車。有前項第二款情形且違反本法規定者，直轄市、縣（巿）主管機關應按其違規情節，依本法相關規定處分；經令停止試車或檢測者，審核機關應駁回其操作許可證申請。

審核機關審查公私場所依第十八條規定提出之空氣污染物排放檢測計畫時，其檢測應以下列項目為限：

非屬前項規定之空氣污染物項目，審核機關得依中央主管機關認可之自廠係數、公告係數或替代計算方式推估確認應符合之排放標準。

第一項空氣污染物排放檢測計畫有下列情形之一者，經審核機關同意後，得免實施檢測：

審核機關受理公私場所固定污染源許可證之申請，屬應實施環境影響評估者，其許可證內容，應納入經環境影響評估法審查通過之書件所載內容及審查結論。

前項納入許可證內容事項，不受第四十二條規定之限制。