扣留機關執行扣留清理機具設施之作業程序如下：
一、填具扣留清理機具設施清單一式四聯，第一聯由扣留機關用印後留存，第二聯交保管機構，第三聯於扣留現場交付清理機具設施之所有人或使用人留存，第四聯由扣留機關用印後連同相關處分書送達清理機具設施所有人或使用人。
二、扣留之清理機具設施移置至保管機構後，保管機構應填具扣留清理機具設施保管條予扣留機關。
三、扣留機關應於扣留之清理機具設施之適當處黏貼封條，封條應載明扣留之日期、時間，並應就扣留之清理機具設施外觀、扣留現場現況及執行扣留與移置過程拍照或錄影存證。
四、執行扣留之現場無法立即查明該清理機具設施之所有人或使用人者，扣留機關應於清理機具設施清單中載明其事由，並於完成查證程序後，依第一款規定辦理送達；如經查證仍無法查明者，得以公告或刊登政府公報或新聞紙代替之。