本法之主管機關為交通及建設部。

商港之經營及管理組織如下：

國際商港之指定，由主管機關報請行政院核定後公告之；商港區域之劃定，由主管機關會商內政部及有關機關後，報請行政院核定之。

國內商港之指定，由主管機關報請行政院備查後公告之；商港區域之劃定，由主管機關會商內政部及有關機關後核定之。

商港區域內治安秩序維護及協助處理違反港務法令事項，由港務警察機關執行之。

商港區域內消防事項，由港務消防機關或委辦之地方政府執行之。

前二項港務警察機關及港務消防機關協助處理違反港務法令事項時，兼受航港局之指揮及監督。

商港區域之整體規劃及發展計畫，由商港經營事業機構、航港局或指定機關徵詢商港所在地直轄市、縣（市）政府意見擬訂，並報請主管機關或層轉行政院核定。

商港區域內，除商港設施外，得按當地實際情形，劃分各種專業區，並得設置加工出口區、自由貿易港區。

國際商港需用之土地，其為公有者，得由商港經營事業機構依法申請讓售取得，或由航港局依法辦理撥用；其為私有者，得由航港局依法徵收，或由商港經營事業機構與所有權人協議價購或以其他方式取得使用權利，協議價購或以其他方式取得使用權利已達計畫新增用地面積百分之五十，而其他新增用地無法價購或取得使用權利時，得依法申請徵收。

商港建設計畫有填築新生地者，應訂明其所有權屬，於填築完成後依照計畫辦理登記。

前項填築之新生地登記為航港局管理者，得作價投資商港經營事業機構所有或由商港經營事業機構申請讓售取得。

航港局經管之公有財產，得以出租、設定地上權或作價投資之方式，提供商港經營事業機構開發、興建、營運使用，不受土地法第二十五條、國有財產法第二十八條及地方政府公產管理法令之限制。

前項之公有財產，供國際商港公共設施或配合政府政策使用者，得無償提供商港經營事業機構使用。

航港局依第四項規定出租或設定地上權予商港經營事業機構之收入，應繳交航港建設基金。但航港局經管地方政府所有之公有財產盈餘，應繳交地方政府。

第四項財產提供使用之方式、條件、期限、收回、權利義務及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

商港經營事業機構、航港局或指定機關應無償提供海關、移民、檢疫及安檢等行使公權力機關作業所需之旅客、貨物通關及行李檢查所需之場地，其場地免納地價稅。

商港區域內商港經營事業機構取得之土地，其地價稅率為千分之十。

商港區域內應劃設海岸巡防機關所需專用公務碼頭；其租金基準，由主管機關定之。

國際商港區域內各項設施，除防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施等商港公共基礎設施，由政府委託商港經營事業機構興建維護外，得由商港經營事業機構興建自營，或由公民營事業機構以約定方式投資興建或租賃經營。

商港設施得由公民營事業機構以約定方式投資興建或租賃經營者，其甄選事業機構之程序、租金基準、履約管理、驗收、爭議處理之辦法，由主管機關定之。

為促進國際商港建設及發展，航港局應就入港船舶依其總噸位、離境之上下客船旅客依其人數及裝卸之貨物依其計費噸量計算，收取商港服務費，全部用於國際商港建設。

前項商港服務費之費率及收取、保管、運用辦法，由航港局擬訂，報請主管機關核定。

商港服務費應繳交航港建設基金。

商港經營事業機構、航港局或指定機關與公民營事業機構向不特定之商港設施使用人收取港埠業務費之項目及費率上限，由商港經營事業機構、航港局或指定機關擬訂，報請主管機關核定；變更時，亦同。

商港區域內之沉船、物資、漂流物，其打撈、清除應經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意；所有人不依商港經營事業機構、航港局或指定機關公告或通知之限期打撈、清除者，由商港經營事業機構、航港局或指定機關打撈、清除。所有人不明，無法通知者，亦同。

商港區域內之沉船、物資、漂流物之位置，在港口、船席或航道致阻塞進出口船舶之航行、停泊，必須緊急處理時，得逕由商港經營事業機構、航港局或指定機關立即打撈、清除。

前二項由商港經營事業機構、航港局或指定機關打撈、清除之沉船、物資、漂流物，所有人不於商港經營事業機構、航港局或指定機關通知限期內繳納打撈、清除費用後領回或所有人不明者，由商港經營事業機構、航港局或指定機關公告拍賣；其拍賣所得價金，除抵繳打撈、清除費用外，其餘發還所有人或保管公告招領。經公告滿六個月後仍無權利人領取時，由商港經營事業機構、航港局或指定機關取得所有權。

經由水溝、下水道或其他放流設施排入商港區域之廢棄物、有害物質、污水，其使用人或管理人，應於出口處設置柵欄或防污設施，並應將其所攔集之廢棄物清除之。

前項使用人或管理人不為設置或清除時，國際商港由商港經營事業機構通報航港局會商有關機關，責令限期採取適當之處理措施，或由商港經營事業機構逕行清除；國內商港由航港局或指定機關辦理，所需清除費用，由該使用人或管理人負擔。

商港區域內停泊之船舶，商港經營事業機構、航港局或指定機關認為妨礙船席調度或港區安全時，得指定地點令其移泊或疏散他處停泊；未依規定移泊者，得逕行移泊。

商港經營事業機構、航港局或指定機關為維護港區秩序、疏導航運、便利作業，得對港區內小船艘數、停泊位置、行駛及作業，予以限制；必要時並得將小船移置他處停放。

船舶、浮具未經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意，不得在港區內行駛或作業。

第一項、第二項由商港經營事業機構、航港局或指定機關執行移泊、停放所需之費用，由船舶所有人負擔。

船舶進入國際商港，應於到達港區二十四小時前，出港應於十二小時前，由船舶所有人或其代理人據實填具船舶入港或出港預報表，送航港局查核後，交由商港經營事業機構安排船席。但船舶出港後十二小時以內，因故回港者，經申請航港局核准後，再補辦入港手續。

船舶進入國內商港，應於到達港區二十四小時前，出港應於十二小時前，由船舶所有人或其代理人據實填具船舶入港或出港預報表，送航港局或指定機關查核後安排船席。但船舶出港後十二小時以內，因故回港者，經申請核准後，再補辦入港手續。

船舶實際入港目的、船況與入港預報不符者，船舶所有人或其代理人應據實辦理更正。

航港局或指定機關對於申請入港船舶，認有危及商港或公共安全之虞者，非俟其原因消失後，不准入港。

商港區域內之船舶於颱風警報發布後，應自行加強防颱措施或依商港經營事業機構、航港局或指定機關指示移泊或出港。

船舶不依前項指示移泊或出港者，得由航港局或指定機關為必要之處分。

商港區域內之船舶發生災害，商港經營事業機構、航港局或指定機關得視實際情況將其拖離船席或拖出港外。

裝有核子動力之船舶或裝載核子物料之船舶，非經原子能主管機關核准，不得入港。

前項船舶應接受航港局認為必要之檢查，其有危及公共安全之虞者，船長應立即處理，並以優先方法通知商港經營事業機構、航港局或指定機關採取緊急措施。

入港船舶裝載爆炸性、壓縮性、易燃性、氧化性、有毒性、傳染性、放射性、腐蝕性之危險物品者，應先申請商港經營事業機構、航港局或指定機關指定停泊地點後，方得入港。

船舶在港區裝卸危險物品，應經商港經營事業機構、航港局或指定機關之同意。對具有高度危險性之危險物品，應由貨物所有人備妥裝運工具，於危險物品卸船後立即運離港區；其餘危險物品未能立即運離者，應於商港經營事業機構、航港局或指定機關指定之堆置場、所，妥為存放。

裝載危險物品之船舶，應依照規定，日間懸掛紅旗，夜間懸掛紅燈於最顯明易見之處。

船長於航路上發現新生沙灘、暗礁、或其他新障礙有礙航行者，應儘速或於入港時即行通報商港經營事業機構、航港局或指定機關。

在航路上發現有礙船舶航行之新生沙灘、暗礁、或其他障礙物，航港局或指定機關應隨時發布航船布告。

船舶在商港區域內非經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意，不得於妨礙他船航行之處將駁船或其他小船繫留於船旁。其裝有突出之橫木足礙他船航行者，應收進或拆除之。

船舶在商港區域內拖帶船舶，應依商港經營事業機構、航港局或指定機關之規定。

商港區域內，不得為下列行為：

商港經營事業機構、航港局或指定機關於不妨害港區作業、安全及不造成污染之商港區域，得與登記有案之相關社團協商相關措施，公告開放民眾垂釣，不受前項第二款規定之限制。

商港區域特定範圍內，非經申請許可，禁止從事遙控無人機飛航活動；違反者，商港經營事業機構、航港局或指定機關得採取適當措施予以制止或排除。

前項商港區域特定範圍，由航港局或指定機關公告之。

第一項申請許可之審查程序、應備文件、條件、管理、廢止許可及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

商港區域內，船舶之廢油水、廢棄物或其他污染物質，應留存船上或排洩於岸上收受設施。

前項污染物質於岸上收受，應委託公民營廢棄物清除處理機構處理。

船舶在商港區域內發生海難或因其他意外事件，致污染水域或有污染之虞時，船長及船舶所有人應即採取措施以防止、排除或減輕污染，並即通知商港經營事業機構、航港局或指定機關。

船長及船舶所有人未依前項情形採取措施或污染有擴大之虞時，商港經營事業機構、航港局或指定機關得逕行採取必要之應變措施；其因應變或處理措施所生費用，由該船舶所有人負擔，在未繳清費用前，得禁止該船舶所屬公司其他船舶入出港。

商港經營事業機構、航港局或指定機關應擬訂災害防救業務計畫，報請主管機關核定之。

前項計畫應定期檢討，必要時，得隨時為之。

商港區域內發生災害或緊急事故時，商港經營事業機構、航港局或指定機關得動員商港區域內各公民營事業機構之人員及裝備，並應配合有關機關之指揮及處理。

商港區域內各公民營事業機構應配合商港經營事業機構、航港局或指定機關實施災害防救演習及訓練。

商港經營事業機構應辦理各國際商港保全評估作業，並據以擬訂保全評估報告及保全計畫，報請航港局核定後實施。

國際商港區域內各公民營事業機構，應依前項計畫辦理港口設施保全評估作業，並據以擬訂保全評估報告及保全計畫，報請航港局或其認可機構核定後實施。

航港局得查核及測試國際商港區域內作業之各公民營事業機構之港口設施保全措施及保全業務，受查核及測試者不得規避、妨礙或拒絕；檢查結果發現有缺失者，應通知其限期改善。

前項航港局查核及測試時，得會同港務警察機關等相關安全機關辦理。

於商港區域內申請經營船舶貨物裝卸承攬業，應具備有關文書申請航港局或指定機關許可籌設。

前項申請人應自許可籌設之日起六個月內，辦理公司登記，置妥機具設備，並向航港局或指定機關申請營業許可及核發許可證後，始得營業。

未於前項六個月期間內完成籌設，並向航港局或指定機關申請營業許可者，其籌設許可應予廢止。但有正當理由者，得於期間屆滿三十日前申請展延六個月，並以一次為限。

於商港區域內申請經營船舶理貨業，應具備有關文書申請航港局或指定機關許可籌設。

前項申請人應自許可籌設之日起六個月內，辦理公司或商業登記，並向航港局或指定機關申請營業許可及核發許可證後，始得營業。

未於前項六個月期間內完成籌設，並向航港局或指定機關申請營業許可者，其籌設許可應予廢止。但有正當理由者，得於期間屆滿三十日前申請展延六個月，並以一次為限。

船舶貨物裝卸承攬業、船舶理貨業應自取得許可證之日起六個月內開始營業，屆期未開始營業者，由航港局或指定機關廢止其營業許可，並註銷其許可證。但有正當理由者，得於期限屆滿三十日前申請展延六個月，並以一次為限。

船舶貨物裝卸承攬業、船舶理貨業營業後，連續六個月以上無營運實績者，得由航港局或指定機關廢止其營業許可並註銷其許可證。自行停止營業六個月者，亦同。

船舶貨物裝卸承攬業、船舶理貨業因天災或其他不可抗力事由不能正常營運時，應於事實發生之日起算七日內，敘明原因及預計恢復正常營運日期，報請航港局或指定機關備查。

船舶貨物裝卸承攬業、船舶理貨業結束營業，應自結束營業之日起算三十日內，將原領營業許可證繳送航港局或指定機關註銷；屆期未繳送，由航港局或指定機關逕行廢止其營業許可，並註銷其許可證。

船舶貨物裝卸承攬業應於每年六月底前將上一年度之營運、財務狀況及其他有關文件，報請航港局或指定機關備查。

航港局或指定機關得隨時派員前往船舶貨物裝卸承攬業、船舶理貨業之事務所、營業所或其他場所為必要之查驗。業者無正當理由不得拒絕查驗。

前項查驗人員依法執行公務時，應出示有關執行職務之證明文件；其未出示者，受查驗者得拒絕之。

船舶貨物裝卸承攬業之最低實收資本額、作業機具、公共意外責任險投保金額、籌設與營業許可之申請、核發、換發、許可證費之收取及其他應遵行事項之規則，由主管機關定之。

船舶理貨業之營業項目、籌設與營業許可之申請、核發、換發、許可證費之收取及其他應遵行事項之規則，由主管機關定之。

船舶於商港區域外因海難或其他意外事故致擱淺、沉沒或故障漂流者，航港局應命令船長及船舶所有人採取必要之應變措施，並限期打撈、移除船舶及所裝載貨物至指定之區域。

前項情形，必要時，航港局得逕行採取應變或處理措施；其因應變或處理措施所生費用，由該船舶所有人負擔。

第一項擱淺、沉沒或故障漂流船舶之船長及船舶所有人未履行移除前或有不履行移除之虞，航港局得令船舶所有人提供相當額度之財務擔保。未提供擔保前，航港局得限制相關船員離境。

打撈沉船或物資及為船舶解體等相關作業者，應將委託合約及作業計畫，報請航港局核准後，始得作業。

前項所定作業計畫，應包括申請人、基本資料、位置、數量、工作方式、防止油污染措施、勞工安全衛生措施及施工期間。

沉船或物資所有人不明者，航港局應將其基本資料、位置、數量公告三個月屆滿後，始得核准打撈。

沉船或物資所有人無法通知或未於通知期限內打撈者，準用前項規定。

從事打撈沉船或物資及為船舶解體等相關作業時，應依航港局核准之作業計畫施工，不得損害港灣航道各項設施或影響船舶航行安全。

前項作業未能如期完工，應於期限屆滿七日前敘明理由，申請展期。

打撈沉船或物資及為船舶解體等相關作業，應於作業前或開始作業日之次日，以書面通知航港局作業之起迄日期。

前項作業完成後，由申請人報請航港局會商相關機關、事業或團體核定完工。

航港局執行外國商船管制檢查時，應於作成檢查紀錄後，交由船長簽認，有違反規定事項者，得由航港局限期改善。

外國商船船長依前項完成改善後，應向航港局申請複檢，並繳交複檢費用；其數額，由航港局擬訂，報請主管機關核定。

外國商船違反管制檢查規定，情節嚴重，有影響船舶航行、船上人員安全之虞或足以對海洋環境產生嚴重威脅之虞者，航港局得將其留置至完成改善後，始准航行。

外國商船違反管制檢查規定，我國無修繕設備技術、無配件物料可供更換或留置違法船舶將影響港口安全或公共利益者，得經入級驗船機構出具證明，並獲航港局同意後航行。

船舶所有人或船長有下列情形之一者，由航港局或指定機關處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰，因而發生損害者，並應依法賠償：

同一船舶在一年內再違反前項規定者，加倍處罰。

以竊取、毀壞或其他非法方法危害商港設施或設備之功能正常運作者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣一千萬元以下罰金。

意圖危害國家安全或社會安定，而犯前項之罪者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣五千萬元以下罰金。

前二項情形致釀成災害者，加重其刑至二分之一；因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金；致重傷者，處五年以上十二年以下有期徒刑，得併科新臺幣八千萬元以下罰金。

第一項及第二項之未遂犯罰之。

對商港設施或設備之核心資通系統，以下列方法之一，危害其功能正常運作者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣一千萬元以下罰金：

製作專供犯前項之罪之電腦程式，而供自己或他人犯前項之罪者，亦同。

意圖危害國家安全或社會安定，而犯前二項之罪者，處三年以上十年以下有期徒刑，得併科新臺幣五千萬元以下罰金。

前三項情形致釀成災害者，加重其刑至二分之一；因而致人於死者，處無期徒刑或七年以上有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金；致重傷者，處五年以上十二年以下有期徒刑，得併科新臺幣八千萬元以下罰金。

第一項至第三項之未遂犯罰之。

有下列情形之一者，由航港局或指定機關處行為人新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰：

未登記或註冊之船舶、浮具，違反前項第二款規定者，並得沒入之。

商港區域內各公民營事業機構如有規避、妨礙或拒絕第四十三條第一項規定之查核、檢查及測試者，由航港局處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰。

商港區域內各公民營事業機構未依第四十三條第一項之檢查結果，於限期內改善者，由航港局處新臺幣二萬元以上十萬元以下罰鍰。

未依第十二條規定繳納商港服務費或應償還損壞商港區域內各項設施修復費，經限期繳納，屆期不繳納者，得勒令停止作業或禁止船舶入、出港。但經提供相當擔保者，不在此限。

商港區域內各項設施損害事故之證物保全，依運輸事故調查法相關規定辦理。

航港局應就商港區域內下列事項，接受各目的事業主管機關委託辦理之：

前項所定事項各目的事業主管機關未委託辦理者，應由各目的事業主管機關於商港區域內派駐人員辦理。