本辦法所稱醫療廢棄物清除處理設施，指取得衛生主管機關發給輔導設置文件，接受衛生主管機關輔導設置以接受醫療機構委託清除、處理醫療廢棄物之機構。

本辦法所稱衛生主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

醫療廢棄物清除處理設施應置專業技術人員，其設置條件如下：

前項規定之專業技術人員應取得行政院環境保護署核發之合格證書。

直轄市或縣（市）衛生主管機關核發之輔導設置文件應登記事項如下：

醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作、營運者，其輔導設置文件登記事項除前項規定外，應包含下列事項：

醫療廢棄物清除處理設施於營運前，應取得該設施之所有權及用地使用權，並檢具下列營運相關文件送直轄市或縣（市）衛生主管機關及設施所在地之主管機關備查：

醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作及營運者，除依前項規定辦理外，並應檢附下列文件：

醫療廢棄物清除處理設施接受委託清除、處理醫療廢棄物，應與委託人訂定契約書，並於訂定契約書之次日起三十日內，將契約書影本報送醫療廢棄物清除處理設施及委託人所在地之直轄市或縣（市）衛生主管機關。變更契約書內容或終止契約時，亦同。但受託清除因天然災害或緊急事故產生之廢棄物者，不在此限。

前項契約書應記載下列事項：

醫療廢棄物清除處理設施應於每年一月及七月十五日前，向直轄市或縣（市）衛生主管機關申報前半年之營運及操作紀錄，其申報格式及保存方式，準用公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法之規定。但經中央主管機關公告指定應以網路傳輸方式或書面申報營運紀錄者，應另依其規定申報。

醫療廢棄物清除處理設施完工開始營運之實際營運月數不足半年時，前項營運及操作紀錄以實際營運月數申報之。

衛生主管機關得不定期派員查核第一項之營運、操作及申報紀錄等相關資料，醫療廢棄物清除處理設施不得拒絕、規避或妨礙。

醫療廢棄物清除處理設施暫停營運超過三個月以上者，應於屆滿三個月後十五日內報請直轄市或縣（市）衛生主管機關備查，並繳回輔導設置文件；如於輔導設置文件繳回後一年內復業者，應向直轄市或縣（市）衛生主管機關申請發還之，始得繼續營運。

醫療廢棄物清除處理設施終止營運者，應自終止營運之日起一個月內報請直轄市或縣（市）衛生主管機關備查並繳回輔導設置文件。

醫療廢棄物清除處理設施有下列情形之一，經直轄市或縣（市）衛生主管機關通知限期完成改善，屆期未改善或未完成者，直轄市或縣（市）衛生主管機關得終止輔導：

醫療廢棄物清除處理設施經通知終止輔導者，自書面通知送達之日起，喪失受直轄市或縣（市）衛生主管機關輔導之資格，不得再依本辦法接受委託清除、處理醫療廢棄物。