第一科掌理國庫集中支付及財物保管審計，辦理左列事項：
一、關於審計部轉發集中支付機關歲出分配預算及支付法案之核對登記事
項。
二、關於集中支付機關可支庫款之查核事項。
三、關於地區支付處庫款收支之抽查事項。
四、關於國庫財物保管處財物收付報表之審核及經管財物管理情形之抽查
事項。
五、關於集中支付機關支出收回書之審核事項。
六、關於國庫支票管理情形之抽查事項。
七、關於各機關對於國庫集中支付及財物保管審計案件之諮詢或請求解釋
之擬復事項。
八、關於本科工作計畫與工作報告之編製及其他屬於本科應辦事項。
九、關於本科業務資料檔之建立保管及統計資料之提供事項。

第二科掌理國庫代庫收支審計，辦理左列事項：
一、關於各機關專戶存管款項核准開戶之登記事項。
二、關於國庫支庫保管品收付款表之審核事項。
三、關於國庫支庫庫款收支及財物保管之抽查事項。
四、關於國庫收入退還書、轉正書之核轉事項。
五、關於各機關對於國庫代庫收支審計案件之諮詢或請求解釋之擬復事項
。
六、關於本科工作計畫與工作報告之編製及其他屬於本科應辦事項。
七、關於本科業務資料檔之建立保管及統計資料之提供事項。

第三科掌理國庫收支綜合審計，辦理左列事項：
一、關於地區支付處庫款支付報表憑證之審核編報事項。
二、關於國庫總庫、分庫庫款收支報表憑證之審核編報事項。
三、關於審核國庫收支綜合報告之編報事項。
四、關於各機關對於國庫收支綜合審計案件之諮詢或請求解釋之擬復事項
。
五、關於本科工作計畫與工作報告之編製及其他屬於本科應辦事項。
六、關於本科業務資料檔之建立保管及統計資料之提供事項。

第四科掌理未實施集中支付審計及本處研考工作，辦理左列事項：
一、關於審計部轉發未實施集中支付機關歲出分配預算及支付法案之核對
登記事項。
二、關於撥款憑單之審核、登記及編報事項。
三、關於未實施集中支付機關支出收回書之審核事項。
四、關於審計 (核) 會議、部 (處) 務會報、業務擴大會報所決定事項及
長官指示事項執行之管制考核陳報事項。
五、關於本處各單位年度施政計畫工作項目執行進度及成果之管制考核彙
報事項。
六、關於本處審計業務之研究事項。
七、關於本處電子處理資料作業之研究發展與輔導及機器與磁碟等之維護
、管理事項。
八、關於本科工作計畫與工作報告之編製及不屬他科之審計事項。
九、關於本科業務資料檔之建立保管及統計資料之提供事項。

秘書室辦理左列事項：
一、關於覆核文稿事項。
二、關於重要文件之核閱提陳分配及本處文書稽催事項。
三、關於機要文件之收發、撰擬、翻訪、繕校事項。
四、關於審核會議、處務會報事務之辦理及決議案之分行事項。
五、關於本處年度施政 (工作) 計畫、工作報告、審計實錄、及中華民國
年鑑有關國庫審計部分稿件之彙編事項。
六、關於本處內規之研擬、修訂、整理及會核事項。
七、關於新聞剪報及本處對外新聞聯繫與發布事項。
八、關於本室資料檔之建立保管事項。
九、處長副處長交辦事項。

總務科辦理左列事項：
一、關於本處文書收發、分配、繕校、印信典守及其他文書有關事項。
二、關於本處檔案之點收、整理、分類、登記、編訂、保管、縮影、檢調
，與本處圖書書報刊管理、史料之建立保管及其他檔案有關事項。
三、關於本處經費出納、薪俸發放及現金票據之保管轉發及其他出納有關
事項。
四、關於本處財物購置、分配，技工、工友管理，勞工保險，員工福利，
公產、公物保管與本處辦法廳舍、車輛之管理、修繕，各種會場佈置
及其他庶務有關事項。
五、關於本科工作計畫及工作報告之編製事項。

會計室辦理左列事項：
一、關於概算、預算、決算之核編整理事項。
二、關於預算之執行事項。
三、關於會計報告、帳籍憑證及會計事務之處理事項。
四、關於內部審核與財務上增進效能及減少不經濟支出之建議事項。
五、關於本室工作計畫之工作報告之編製事項。
六、關於本室資料檔之建立保管與運用及文書檔案事務之管理事項。
七、關於其他歲計、會計、內部審核及兼辦統計有關事項。

人事室辦理左列事項：
一、關於承辦本處人事規章、組織編制、員額配置及其有關事項。
二、關於承辦本處職員任免、遷調、銓敘、俸給、職務歸系列等、考績、
考勤、獎懲、訓練進修、退休、撫卹、資遣及其有關事項。
三、關於本處職員及其眷屬保險、福利互助、實物配給、各項補助費與退
休人員及其眷屬保險之審核事項。
四、關於本處員工福利及文康活動之事項。
五、關於本處人事查核及其有關事項。
六、關於本室工作計畫及工作報告之編製事項。
七、關於本處人事資料檔之建立保管與運用及本室文書檔案事務之管理事
項。
八、關於其他人事有關事項。