第三科掌理國庫收支綜合審計，辦理左列事項：
一、關於地區支付處庫款支付報表憑證之審核編報事項。
二、關於國庫總庫、分庫庫款收支報表憑證之審核編報事項。
三、關於審核國庫收支綜合報告之編報事項。
四、關於各機關對於國庫收支綜合審計案件之諮詢或請求解釋之擬復事項
。
五、關於本科工作計畫與工作報告之編製及其他屬於本科應辦事項。
六、關於本科業務資料檔之建立保管及統計資料之提供事項。