公民營事業在工業專用港或工業專用碼頭區域內發現有妨害安全或污染情事時，應予以制止或報請相關主管機關處理。

在工業專用港或工業專用碼頭區域進行工程施工或下列作業，應先經公民營事業同意，並不得有妨害相關設施之行為：

一、船舶舉行下水典禮、試車或校對航儀。

二、船舶進出船塢。

三、從事燒焊或熔接。

四、下水操練救生。

五、舉行各種演習或儀式。

六、其他相關作業。

停泊在工業專用港或工業專用碼頭區域內船舶之事業廢棄物，應由船舶所有人或其代理人自行或委託公民營廢棄物清除處理機構清除、處理之。

公民營事業應擬訂工業專用港或工業專用碼頭危險物品裝卸作業規定，報請中央主管機關會商有關機關核定後實施。

裝載危險物品之船舶，應於到港前二十四小時，由委託人以填具清單或電腦連線方式，敘明下列事項，送公民營事業同意後，再將同意後清單分送或以電腦連線至現場棧埠作業機構、負責工業專用港或工業專用碼頭區域消防之單位及其他相關單位，並應依海關規定申領特別准單後，始得裝卸：

一、危險物品種類、品名、性質、數量、聯合國編號及裝卸應注意事項。

二、委託人姓名、地址及電話號碼。

三、現場負責人姓名、地址及電話號碼。

四、運輸工具之種類、數量及到港時間。

裝載危險物品船舶於裝卸或停泊時，應由負責工業專用港或工業專用碼頭區域消防之單位、公民營事業、棧埠作業機構，視危險物品之性質，負責採取必要之警戒措施，該船船長應派員維護安全。

船舶自用或區域作業用之危險物品運入工業專用港或工業專用碼頭區域時，應經公民營事業同意。

在工業專用港或工業專用碼頭區域內作業之油輪、液化氣體、化學液體或其他船舶之貨艙、燃油艙，須動火修理者，應先在公民營事業所指定區域進行清艙，並檢具經主管機關指定之檢驗機構出具之清艙證明，送公民營事業同意後，始得動火。

遇難或避難船舶入港前，應以通信方式連繫港口信號臺，並提出申請，經中央主管機關會同有關機關檢查，有下列情事之一者，得拒絕其進港：

一、載運之危險物品有安全顧慮。

二、載運染患傳染病或其可疑症狀之人，有影響國內防疫安全之虞。

三、船體重受損有沈沒之虞。

四、其他有違港口禁令或無進港之必要。

遇難或避難船舶進港泊靠後，應即補辦下列手續：

一、補辦理入港報告單，連同旅客名單、船員名單及災難情形報告各六份，先送航政主管機關查核後，分送海岸巡防署所屬單位、港務警察單位、檢疫機關、內政部入出國及移民署、中央主管機關及公民營事業。

二、遇難船舶船長或船舶代理人應依海事報告規則及有關法令規定，將海事報告送請航政主管機關簽證。

三、船舶進港後，除船用補給品外，如有上下客貨或逾二十四小時開航出口者，應另行向海關辦理進口申報及出口結關手續。

四、外籍遇難或避難船舶進港停泊，船員上岸應經港務警察機關、內政部入出國及移民署核准。

工業專用港或工業專用碼頭區域內之船舶遇颱風警報發布後，應自行加強防颱措施，或依公民營事業通知，移泊或出港避風。

工業專用港或工業專用碼頭區域內船舶發生災害，公民營事業得視實際情況，將其拖離船席或拖出港外。

公民營事業為處理緊急災害，得報請中央主管機關洽請有關機關協助。