管理機關得依河川治理計畫，並參酌所轄河川水土資源、生態環境、自然景觀、河川沿岸土地發展及其他相關情事，訂定河川環境管理計畫報經其主管機關核定之。

管理機關應依前項核定之各該河川環境管理計畫，公告其管理使用分區、得申請許可使用之範圍及其項目。但原已許可使用者，應俟使用期限屆滿後始得變更，其為種植使用者，得展限使用二次期滿後再行變更之。

前項經許可使用之土地於許可期限屆滿時或經撤銷、廢止使用許可者，管理機關得命使用人限期整復；未依所定期限整復者，得依本法第九十五條規定處分，該河川公地如符合許可要件者，管理機關得指定期限公告受理申請許可使用。

河川區域之使用行為，如為防止危害公共安全緊急需要者，得先行使用，並於三十日內補辦申請許可；必要時，管理機關得命其採取適當之補救措施後許可之。

前項使用行為為採取土石時，以政府機關或公有公用事業機構於辦理災區交通搶通或公共設施重建，並屬災後須立即進行及於短期內完成者為限，且其採取土石之範圍及數量應經管理機關會勘確定後，始得先行使用。

河川土地經核准辦理治理工程或管理計畫後，不得辦理新案許可，但申請種植農作物展限使用者，管理機關得視工期與農作物收成期決定許可展限期日，並應於許可時附記因工程或管理計畫之需要得廢止許可，不予任何補償。

前項治理工程或管理計畫內有明定土地分區使用計畫者，得從其計畫許可使用。

河川公地同一地點有二人以上申請使用，且書件齊全者，依下列規定定其優先順序：

前項行為屬種植使用時，在原許可使用人死亡後六個月內，如原許可使用人之配偶及年滿十六歲之直系血親過半數共同推具申請資格者提出申請時為最優先。

屬土石採取使用者，管理機關應就各該可採區公告受理申請，其申請程序及優先順序依土石採取法規定辦理。

管理機關收受使用申請書件後，認為書件不完備或不明晰者，應於十日內逐項列出，一次通知限期補正；逾期不補正或補正不完備者，駁回其申請。

前項機關審查及通知補正期限，其期間之例假日及國定假日不計入。

書件經審查完備者，應即訂期勘查，必要時，並得會同有關機關為之。會勘時，申請人應到場或出具委託書委託他人代理領勘；未領勘、不符合規定或經審認有影響河防安全之虞時，駁回其申請案。

申請種植植物展期案件，管理機關得依據管理資料及申請書件，免會同申請人逕予勘查。

位於河川公地之使用申請案經審查及勘查認為符合規定者，應於申請人繳清使用費及保證金後，始發給使用許可書。

河川區域之許可使用期間不得超過五年；期滿欲繼續使用者，除種植植物、圍築魚塭、插、吊蚵使用者依第三十四條第三項規定辦理外，應於期限屆滿前三個月起三十日內以新案申請許可，逾期未申請者，其許可於期限屆滿時失其效力。

許可期限屆滿未申請展限而繼續使用，或其使用未經申請許可者，除屬第三項應依其規定辦理者外，應依本法裁處。

屬本法第七十八條之一第一款、第二款、第四款及第六款之圍築魚塭、插、吊蚵之使用期滿未依第一項規定申請許可，其使用符合本法及本辦法其他相關規定者，得補辦申請許可，管理機關於其補繳使用期間之使用費後，依新案許可之。但其使用不符合本法及本辦法規定或未於管理機關通知期限內補辦許可者，應依本法裁處。

前項補辦許可申請屬河川公地使用者，管理機關應於許可前追繳使用期間之使用費，但使用期間超過五年者，以五年為限。

本法第七十八條之一第一款、第二款、第四款及第六款之圍築魚塭、插、吊蚵使用行為於許可使用期限屆滿後，未依管理機關通知期限內申請繼續使用之河川公地，始得受理他人申請。

政府機關、公有公用事業機構或公法人施設之永久性建造物，其許可使用年限按實際需要訂定，不受第一項許可使用期間之限制。

因申請水權而施設之建造物，其許可使用年限得按水權狀核准年限訂定，不受第一項許可使用期間之限制。

申請種植植物、圍築魚塭及插、吊蚵使用者，應檢附下列書件：

前項所附之土地位置實測圖非屬管理機關提供之圖資者，以紙圖或數位資料提供，測繪人應簽名蓋章，並載明身分證統一號碼及詳細戶籍住址；實地勘查時，得要求測繪人備置測量儀器，並到場複測。

第一項許可使用人於期滿仍欲繼續使用者，經查無違反許可使用規定，且該河川土地適宜原使用者，得於期限屆滿前三個月起之三十日內，持原許可書或身分證明文件，依原使用許可範圍及方式向管理機關申請展期，每次得延長五年；准予展期者，加註展期使用期間，並以二次為限。

第一項之申請使用為河川公地者，同一戶之總使用面積為種植使用者，不得超過五公頃；其為圍築魚塭及插、吊蚵使用者，同一戶之總使用面積不得超過三公頃。

下列人員不得申請使用河川區域種植植物、圍築魚塭及插、吊蚵：

申請於河川區域私有地種植植物、圍築魚塭或插、吊蚵者，不受前項第二款及第三款之限制。

下列區域不得許可種植：

草本、蔓藤植物之植株及灌木之成木高度低於五十公分且未設置支持之棚架者，不受前項第一款及第二款規定之限制。

申請圍築魚塭者，以河川區域寬度三百公尺以上之河口區或感潮河段之不影響水流區域為限，且不得位於下列地區：

申請圍築魚塭之範圍，其寬度總計不得大於該河川之河川區域寬度之三分之一，塭底高度應高於同橫斷面河床最低點，並不得低於申請範圍平均地盤高程以下一百五十公分，塭岸高度不得高於平均地盤高五十公分，塭岸應以河川內現地之土石圍築。

前項開挖塭池所產生之土石應依管理機關指定之方式處理。

前條第二款建造物之目的事業主管機關為安全需要，得附縮減可採區範圍理由書，送經管理機關同意後報主管機關核定縮減可採區。

目的事業主管機關於前項範圍內，基於其事業安全需要，需辦理疏濬時，應經管理機關許可後辦理之。

申請採取土石使用者，應檢附下列書件：

前項地形實測圖應包含計算採取面積、土石方量之測量成果表，並以紙圖或數位資料提供，測繪人應簽名蓋章，並載明身分證統一號碼及詳細戶籍住址；實地勘查時，測繪人應備置測量儀器，並到場複測。

符合第二十八條第一款、第二款或第二十九條第二項規定者，應檢附申請書、河川圖籍比例尺相同並標示採取範圍、採取量之申請位置圖及申請人身分（或公司行號）證明文件向管理機關申請許可使用，不受第一項及第四十一條公告可採區之限制。

中央管河川之管理機關為疏濬或整理河道有辦理土石採取之需要時，得由當地直轄市或縣（市）政府擬訂計畫書報經該管管理機關核定後許可辦理之。

前項許可範圍，不受第四十一條但書規定之限制。

申請本法第七十八條之一第一款、第二款、第五款、第七款及第三款之堆置土石使用行為者，應檢附下列書件：

前項地形實測圖應以紙圖或數位資料提供，測繪人應簽名蓋章，載明身分證統一號碼及詳細戶籍住址；實地勘查時，測繪人應備置測量儀器，並到場複測。

申請本法第七十八條之一第一款使用行為，且涉及第七十二條之一設置穿越水道或水利設施底部之建造物者，除依前條規定辦理外，並應檢附下列書件：

前項第四款至第八款之設計書圖及相關分析資料，應有相關專業技師之簽證。

本法第七十八條之一第三款之申請堆置土石，限於依同條第一款、第二款、第五款或第七款規定許可行為，其施工所需一定期間之暫置，並應於申請該使用行為時同時提出暫置申請。

前項申請應擬定緊急清離計畫，管理機關依各該河川之地形與洪水可能到達時間審查核定其堆置位置與堆置量，但不得超過七天之使用量及陸上颱風警報或豪雨特報發布後之二日可清離量。

經許可使用後，始有暫置之必要者，應於申請許可後始得為之。

申請作為休閒遊憩兼具本法第七十八條之一規定二種以上許可使用事項者，以下列為限：

前項許可事項之設施超過五十公分以上者，以可拆卸式之臨時性設施為限，申請使用人應負責其使用範圍內之維護管理工作，並納入其使用計畫書中，其內容包括下列事項：

依環境影響評估法需辦理環境影響評估者，於開工前應檢附有關書圖文件及該管環境主管機關同意文件報經管理機關同意後發給使用許可書。

河川區域施設運輸路、便橋或越堤路應經許可始得為之，並應於完成後提供他人使用；同時提供其他許可使用人使用者，得協議共同負擔建造成本及維護費用，無法取得協議時，由管理機關協調。

於河川區域內行駛車輛，應限於現存之運輸路、便橋或越堤路，並自行注意安全。

埋設穿越河川之水管、油管、氣管、其他埋設物或跨河建造物基礎之頂高，應低於該河川斷面最低點，並應考量沖刷深度之影響。

申請跨河建造物之基礎頂高如因河川地形環境特殊致埋設低於河川斷面最低點有實際困難者，得由申設單位確實考量河道擺盪及沖刷深度影響予以施設。

河川區域土地使用人對施設之建造物或其使用範圍應負責維護管理；如造成他人之損害，應負責賠償。

依本法第九十一條之二第一項第八款、第十一款或第九款轉讓他人使用廢止許可者，得命使用人限期整復，未依限期整復者，依本法第九十五條處分。

申請使用河川區域內公有土地應依法繳交使用費、行政規費及保證金；保證金於使用費期滿未展限使用時返還，但應先抵繳其欠繳之使用費及其使用行為所致之損害賠償金。

政府機關或公有公用事業機構，申請施設建造物屬使用期限至使用功能消失為止者，得免收前項保證金。