本院之財務報表，應委請會計師進行財務報表查核簽證。

本院年度營運賸餘，於完稅及彌補虧損後，應將賸餘之百分之十解繳國庫。

國軍生產及服務作業基金項目下屬原機關之資產及負債部分，於改制之日由本院概括承受，不受預算法第二十五條及第八十八條規定之限制。

本院成立年度之政府核撥經費，得由國防部在原預算範圍內調整因應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制。

本院設立時，需使用公有財產者，除前條作業基金資產外，得採無償提供使用、捐贈等方式為之；採捐贈者，不適用預算法第二十五條及第二十六條、國有財產法第二十八條及第六十條相關規定。

本院設立後，因業務需要得價購公有不動產。土地之價款，以當期公告土地現值為準。地上建築改良物之價款，以稅捐稽徵機關提供之當年期評定現值為準；無該當年期評定現值者，依公產管理機關估價結果為準。

本院以政府機關核撥經費指定用途所購置之財產，為公有財產。

第一項無償提供使用及前項之公有財產以外由本院取得之財產，為自有財產。

第一項無償提供使用及第三項之公有財產，由本院登記為管理人，不得為任何處分。但所生之收益，列為本院之收入，不受國有財產法第七條第一項規定之限制。

第一項必要使用之公有財產，其分類移轉處理方式，及第一項無償提供使用與第三項之公有財產，其管理、使用、收益等相關事項之辦法，由國防部定之。

公有財產用途廢止時，應移交各級政府公產管理機關接管。

本院接受捐贈之公有不動產，不需使用時，應歸還原捐贈機關，不得任意處分。

政府機關核撥本院之經費，應依法定預算程序辦理，並受審計監督。

前項經費超過本院當年度預算收入來源百分之五十者，應由國防部將本院年度預算書，送立法院審議。

本院辦理採購，應本公開、公平之原則，並應依我國締結簽訂條約或協定之規定。

前項採購，除符合政府採購法第四條所定情形，應依該規定辦理外，不適用該法之規定。

前項應依政府採購法第四條規定辦理之採購，於其他法律另有規定者，從其規定。

銷售與本院業務使用之武器、艦艇、飛機、戰車，及與作戰有關之偵察、通訊器材，免徵營業稅。

本院承接國防部及所屬機關委託研究（製）計畫，免徵營業稅。

本院因業務需要採購之貨物，經國防部核定直接供軍用者，準用軍用貨品貨物稅免稅辦法。

本院進口專供軍用之武器、裝備、車輛、艦艇、航空器與其附屬品，及其他專供軍用之物資，準用軍用物品進口免稅辦法。

本院之相關資訊，除國家機密保護法相關法令另有規定外，應依政府資訊公開法相關規定公開之；年度財務報表、年度營運（業務）資訊及年度績效評鑑報告，應主動公開。

前項年度績效評鑑報告，應由國防部提交分析報告，送立法院備查。必要時，立法院得要求國防部部長率同本院院長或相關主管至立法院報告營運狀況並備詢。