運輸業遇有海關調查走私案件時，應切實配合協助。

運輸業受海關囑託轉送海關處分書等關係文書與該業所屬運輸工具服務人員時，應負責將文書依限送交指定人。

運輸工具進出口裝卸貨物時，運輸業應有充足人員在現場照料辦理。

前項人員均應受海關關員之合法指導。

運輸業關於通關業務上之文件或電子資料應妥為保存或預留副本，並按運輸工具名稱、航次、日期及文件性質，分別儲存，其保管期間為五年。

前項文件、電子資料及運輸業依法應設置之會計帳冊、單據及關係資料，海關得隨時查核或調閱，運輸業者不得拒絕。

運輸業對於其所屬運輸工具應繳之稅款、規費或罰款，如延不繳納時，海關得將其保證金抵繳，不敷抵繳部分，仍應負責於限期內清繳。

前項保證金經抵繳後，運輸業應於海關通知補足差額之翌日起一個月內補繳保證金。

運輸工具所載貨物未列入貨物艙單，或貨物艙單內所填列之事項與實際情形不符者，如有正當理由，得於下列時限內向海關申請更正。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：

前項情形業經海關發覺或接獲走私密告者，其更正之申請不得免予議處。

運輸工具載運進口之貨物遇有短卸或溢卸之情事者，應由運輸工具負責人或運輸工具所屬運輸業者繕具短卸或溢卸報告向海關提出。但該項貨物屬快遞貨物或海運併櫃貨物，且由承攬業者向海關申報艙單者，依海關管理承攬業辦法規定辦理。

前項短卸或溢卸報告，應於下列期限內提出。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：

卸存海關監管場所之短卸或溢卸報告應先送海關倉庫管理單位查核進倉資料，經核無訛予以簽證後，送海關艙單單位核備。須註銷或更正者，應於原申報短卸或溢卸報告送達海關翌日起三日內為之。

溢卸貨物須退運或轉運出口者，應由提出溢卸報告之運輸工具負責人或運輸工具所屬運輸業者依關稅法第六十二條第一項規定之期限向海關申請核准，並於限期內以轉運申請書向海關申報退運國外或轉運出口，其處理手續與一般轉口貨物同。

運輸業對於列入所屬運輸工具進口貨物艙單之貨櫃（物），應依海關核發之卸貨准單及特別准單、轉運准單及作業指示通知等記載事項，以海關核准之方式載運，除有特殊情形經海關核准展延外，應自船上卸下碼頭之翌日起七日內或自機上卸下機坪後二十四小時內，負責將貨物安全送交海關指定地點；對於承運之出（轉）口貨櫃（物），應依出口貨物放行通知（轉運准單）及作業指示通知等記載事項，以海關核准之方式載運，負責將貨物安全送交承載之運輸工具負責人或其代理人點收並裝運出口。海關如有指定路線或時限者，運輸業者應予遵照。

前項運送不得遲延或變更貨物之性質或包裝，亦不得破壞封條。運送途中因事故、不可抗力而延誤或中斷運送或改變路線或改變運輸工具時，運輸業者應採取預防措施避免貨物外流，並應將其事由立即向起運地海關報備。

第一項貨櫃（物）之運送控管所需文件及作業規定由海關訂定並公告。

第一項貨櫃（物）海關認為有必要時，得予查驗，並得派員押運或准由運輸業者提供應繳稅費相當之擔保，經加封海關機械封條或經海關核准之自備封條後免予押運。

第一項貨櫃（物），運輸業者申請加封電子封條替代押運者，應配合辦理電子封條配櫃、加封及讀取核對等相關作業。