主管機關應依下列基準，劃設農田水利事業區域：

依本法第四條第一項規定公告之農田水利事業區域，應冠以管理該農田水利事業區域之行政院農業委員會農田水利署（以下簡稱農田水利署）管理處（以下簡稱管理處）名稱。

主管機關每年至少辦理一次農田水利事業區域灌溉或排水受益區域範圍之調查作業。必要時，得視需要辦理之。

灌溉或排水受益區域範圍變更者，主管機關得辦理農田水利事業區域之變更；已無灌溉或排水受益事實者，得廢止農田水利事業區域。

主管機關應依下列基準，訂定農田水利事業區域之灌溉制度：

農田水利事業區域之灌溉或排水受益區域範圍變更或無灌溉或排水受益事實者，主管機關得徵詢當地農民意見，並會商中央水利主管機關後，辦理灌溉制度之變更或廢止。

農田水利事業區域廢止時，應同時廢止其灌溉制度。

農田水利設施範圍有下列情形之一者，主管機關得變更之：

農田水利設施範圍內已無農田水利設施，或不再具備農田灌溉或排水功能者，主管機關得廢止之。

依前項規定廢止前，主管機關應會商相關目的事業主管機關。廢止後有其他使用功能者，由主管機關檢具清冊移由其他使用單位負責管理維護。

申請展延前條有效期間者，應於期間屆滿前二個月至六個月內，填具展延申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出申請：

前項申請，準用第十二條至前條規定。

依第十四條規定取得許可之內容變更者，申請人應於事實發生之日起一個月內，填具申請書並檢附相關文件及其他經主管機關指定之文件，向主管機關申請變更。但涉及施工、搭排或引取之時間、地點或水量、妨礙農田水利設施之灌溉或排水功能或有妨礙之虞者，應事先提出申請。

前項申請，準用第十二條至第十四條規定。

依第十四條規定取得許可，有下列情形之一者，主管機關得廢止其許可：

有前項第一款至第五款、第七款或第八款情形且情節輕微者，主管機關得先令申請人限期改善；屆期未改善或未完全改善者，廢止其許可。

依前二項規定廢止許可者，主管機關應併令申請人限期恢復原狀。

主管機關每年至少辦理一次檢驗農田水利事業區域之灌溉水質並記錄。必要時，得視需要辦理之。

主管機關得視需要辦理搭排水質稽查，受稽查對象不得規避、妨礙或拒絕。

本法第十四條第三項灌溉水質基準值分為管制項目限值（附表一）及品質項目限值（附表二）。

申請搭排經許可者，其水質應符合附表一所定管制項目限值。

申請搭排於下游具引灌需求之渠道者，其水質不得超出附表二所定品質項目之限值。

申請搭排於下游不具引灌需求之渠道者，其水質應符合放流水標準。

搭排之水質不符前條第二項及第三項規定者，主管機關應立即通知搭排者停止排放及限期改善，並應副知所在地環境保護主管機關。

前項停止排放期間，屬一般家戶及農舍者不得超過三十日，其他搭排者不得超過六十日。

搭排水質不符放流水標準之規定者，主管機關應函知環境保護主管機關依法處理。

道路主管機關於農田水利設施範圍內之土地，設置道路供通行使用，應徵得主管機關同意，並依下列規定辦理：

前項道路之管理維護，由道路主管機關負責，主管機關僅負責圳路通水管理。

第七條第三項之主管機關於農田水利設施範圍廢止前會商相關目的事業主管機關、廢止後移由其他使用單位負責管理維護、第九條第六款之許可、第十二條之通知補正、第十三條之不予許可、第十四條之許可、第十五條之展延、第十七條之變更、第十八條之廢止許可、命令限期改善、恢復原狀、第二十一條之通知停止排放、限期改善、第二十三條第一項之同意相關事項，主管機關得委任所屬機關辦理。

第十九條第一項、第二項所定檢驗、稽查相關事項，主管機關得委任所屬機關或委託其他機關（構）、法人或團體辦理。

本辦法所定各項申請，得逕向農田水利設施所在地之管理處或農田水利署提出。

本辦法自本法施行之日施行。

本辦法修正條文自發布日施行。