進出口貨棧及貨櫃集散站自主管理事項包括下列各項：
一、進、出口及轉口共同作業項目：
（一）啟閉進出口貨棧門鎖，並記錄作業起訖時間。
（二）開啟空貨櫃（含航空貨櫃）檢查無訛後進站（棧）儲存或放行出站（棧）。
（三）監視修復、更換實貨櫃及加封作業。
（四）監視貨物加作或更正標記、箱號或航空標籤號碼。
（五）監視貨主辦理貨物公證、抽取貨樣、看樣或進行必要之維護，作業完成後於核准文件簽證及註記作業時間，並於整裝貨櫃辦理加封。
（六）監視貨櫃標誌、號碼更正作業。
（七）查核、登記扣存或沒入貨物。
（八）使用海關封條（含電子封條）加封、解封及核銷規費證作業。
（九）辦理准單、核准文件或放行附帶條件所指示之海關監管事項。
二、進口作業項目：
（一）核實簽證進口貨櫃進站儲存或轉運出進站之貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）。
（二）核實簽證進口或退運進口貨櫃（物）放行提領出站（棧）之貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）或放行憑單。
（三）監視保稅貨物裝入保稅卡車（貨箱）及加封保稅貨櫃（物）放行出站（棧）。
（四）監視進口貨物裝入保稅卡車（貨箱）及加封轉運出站（棧）作業。
（五）查核轉運進口貨物進站（棧）之保稅卡車（貨箱）車號（貨箱號碼）及封條號碼並解封。
（六）核實簽證進口貨物破損報告。
（七）核實簽證進口貨物銷毀、破壞核准文件。
（八）監視進口食品加貼中文標示作業。
（九）核實簽證逾期貨物或聲明放棄貨物之文件。
（十）核實簽證已列拍賣或變賣貨物清單之文件。
（十一）核實簽證扣押或逾期貨物放行通知單。
三、出口作業項目：
（一）核實簽證出口貨櫃（物）轉運進儲或放行出站（棧）之貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）。
（二）核實簽證保稅貨櫃（物）退運出口進站（棧）之報單。
（三）監視已放行退運進口或三角貿易貨櫃（物）裝櫃（打盤）、加封出站（棧）裝船（機）或轉運他關區出口。
（四）監視進儲機場管制區外貨棧之已放行出口貨物裝入保稅卡車（貨箱）及加封出棧裝機。
（五）監視已放行出口實貨櫃加裝、分裝、改裝出口貨物。
（六）監視出口貨物重新包裝、加裝或打件作業。
（七）查核出口退關（倉）貨物及註銷報關貨物。
（八）監視出口退關（倉）貨物提領出貨棧或貨櫃集散站倉庫。
（九）核實簽證外銷國產空貨櫃進站證明書。
四、轉口作業項目：
（一）核實簽證轉口貨櫃自他區段碼頭貨櫃集散站轉運進儲或轉儲非同一區段碼頭貨櫃集散站之貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）。
（二）監視轉口海運貨櫃加裝、分裝、改裝或轉口貨櫃（物）與出口貨櫃（物）併裝作業及辦理加封。
（三）監視轉口貨物裝入保稅卡車（貨箱）及加封卸存機場管制區外貨棧。
（四）監視卸存機場管制區外貨棧轉口貨物裝入保稅卡車（貨箱）及加封出棧裝機。
（五）監視轉口貨物打盤或裝櫃作業。
（六）監視轉口貨物拆包、分批或加貼航空（郵）標籤作業。
（七）監視海空聯運或空海聯運轉口貨物變更貨物包裝及標記（不得變更產地標示）。