區內事業輸往課稅區加工之貨品，經加工後所產生之廢品下腳，應於最後一批加工品運回時隨同運回，並按園區之廢品下腳相關規定處理。但經補徵稅捐，或申請海關認定無商業價值或適用零稅率者，得免運回。

區內事業因存倉或在製之保稅貨品失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明，報請海關查明屬實者，應自失竊之翌日起三個月內補稅除帳；其有特殊情形，報經海關核准者，得申請提供保證金暫免補稅，但最長不得超過六個月；期滿後如仍未找回者，即將保證金抵繳稅款結案，找回之部分，海關應將保證金退還。

依本條例第二十五條規定，由課稅區輸往園區內供區內事業自用或供轉口外銷之貨品，其不須申請減免稅或退稅者，於進出園區時，免辦報關手續，並免列入帳冊管理。