執行單位應建立下列各款制度，並指定專責人員及組織執行之：

執行單位應通過前項各款制度評鑑；必要時，本部得要求執行單位再次接受評鑑。

執行單位未通過制度評鑑者，本部得限制其執行科技計畫。

執行單位如為公、私立學校者，不受前三項規定之限制。

執行單位應將研發成果之收入及支出單獨設帳管理，定期編製收支報表，送本部備查，並於會計制度內增訂有關研發成果之會計事務處理事項。

執行單位應於內部稽核制度內增訂有關研發成果之稽核項目及程序，並確實執行稽核業務。

執行單位應定期向本部報告研發成果之運用情形，並提供相關資料；必要時，本部得要求執行單位提出說明。

本部及政府審計人員為監督研發成果之運用及管理，得定期或不定期實地查訪執行單位之研發成果運用情形及紀錄、收支報表或帳簿等相關文件，執行單位應有配合義務。

執行單位應與研發人員簽訂契約，規範下列各款事項：

執行單位基於產業特性或執行計畫之需要，應與研發人員約定，其離職後一定期間內，不得利用執行單位之研發成果為自己或他人從事相同或近似業務。但其新任職企業與原執行單位簽訂研發成果授權或讓與契約者，不在此限。

執行單位對於涉及研發成果之人員管理事宜，應訂定相關制度及規範，並報本部備查。

執行單位就研發成果運用及人員管理相關事宜，如有任何違法情事，應依相關法令規定，負損害賠償責任。

簽辦、審議或核決研發成果管理或運用案件之人員，循執行單位內部程序進行研發成果定價，除涉違法情事外，免除其於定價後，價格變化產生之執行職務責任。