園區事業於辦妥公司登記，並經海關核准公告監管後，始可由國外進口保稅貨品。其貨品屬下列範圍以外之觀賞水族動物者，應進儲於管理局指定場所：

園區事業進口保稅貨品應依海關相關規定，設立保稅帳冊，並指派專職人員辦理保稅業務。

園區事業尚未辦妥公司登記而需自國外進口保稅貨品者，得檢具管理局同意廠房租賃文件，向管理局申請專案進口保稅貨品，並應向海關繳納進口稅款保證金，始可辦理通關手續，並於辦妥公司登記，且經海關核准公告監管後，再向海關申請退還進口稅款保證金。

園區事業得於本條例第二十一條第一項保稅範圍內，生產非保稅貨品。

經海關核准公告監管之園區事業，其非保稅貨品之管理，應依海關相關規定辦理。

園區事業於辦妥公司登記，並經海關核准公告監管後，得檢具下列文件向管理局申請辦理保稅貨品自行點驗進出區及按月彙報業務：

園區事業申請前項自行點驗進出區及按月彙報資格，經管理局初審通過後送海關依評估審查表（如附表一）詳實評定；其評分達八十分以上者，由管理局核定之。

依公司法規定合併或分割後存續或新設之園區事業，得申請承受合併消滅或分割前已取得之自行點驗進出區及按月彙報資格。

園區事業經核准辦理自行點驗進出區及按月彙報業務者，應聘任二名以上之保稅業務人員（其中一名為主管級人員）辦理下列保稅業務：

園區事業保稅業務人員應具國內、外高中或高職以上學校畢業（含同等學歷資格）或普通考試（含相當等級）以上考試及格，並須符合下列條件之一：

園區事業聘任之保稅業務人員應檢具下列表件報經海關核准登錄並辦理自行點驗按月彙報簽發章及印鑑登記後，始可執行有關保稅業務：

保稅業務人員異動或自行點驗按月彙報簽發章及印鑑遺失、毀損時，應辦理變更登記或登錄後始具效力。

園區事業經核准自行點驗進出區及按月彙報業務者，其視同進出口案件、委外加工案件、受託加工案件、借料及價值未逾海關核定免繳保證金限額之保稅貨品，或運往區外展示、修理、檢驗、組裝測試之案件，得自行點驗進出區。視同進出口案件，得先憑交易憑證及裝箱單等文件登帳，於次月十五日前繕具報單檢附單證，向海關辦理按月彙報，惟出區前並應依規定取得所需之簽審文件。

前項自行點驗進出區案件之出區放行單，應先報請海關驗印後依號碼順序開具，如經海關核准以電腦列印者，其號碼序號之使用應先向海關申請，公司存查聯得以電子媒體儲存備查。

設有警衛控管之園區事業生產性貨品出區時，應由園區事業保稅業務人員依規定填寫自行點驗生產性貨品出區放行單，經園區事業自行查驗後放行，園區警衛只辨識放行單不再查驗。按月彙報案件，其最後一批貨品進出區日期視同進、出口日期。

園區事業應於向海關辦理接管盤存或製造新產品之翌日起一個月內，且產品未出區前，造具各種產品單位用料清表（以下簡稱用料清表）一式二份，送海關備查；必要時，海關得予查核，並得要求提出製造程序說明書等相關文件；用料清表未送海關備查，而產品已先行出區者，不予除帳。但產品如為樣品，或因特殊原因，已於出區前檢附相關證件，向海關申請報備，並於出區之翌日起一個月內送海關備查者，不在此限。

海關應於收到用料清表備查後，將其中一份發還園區事業作為核銷保稅帳冊之依據。

園區事業原送之用料清表如有變動，應於變動之翌日起一個月內，另造新表，列明原經海關備查或核准文號送海關備查；經備查或核准者以海關收文日期為使用新表日期。

區內事業所使用之原料，其性質及功能相近而可相互替代流用者，應於用料清表上列明，並送海關備查後，始得於年度結算時合併計算。

用料清表之適用期限，自送海關備查或核准之翌日起三年；期限屆滿前應由園區事業重新造送海關備查。

用料清表得經海關核准以電子資料申報。

園區事業應分別備置原料（含半製品）、物料（含燃料）、產製之成品及機器、設備及供貿易用之成品帳冊，報請海關驗印，驗印後依海關規定詳細記錄原料、物料及成品進、出倉數量、倉庫結存數量、機器、設備、半製品之動態紀錄等，供管理局及海關隨時查核。

園區事業之帳冊以電子資料處理者，應將進出廠之有關資料，依規定期限輸入建檔，按月印製替代帳冊之表報；於次月二十日前印妥備查，並得以電子資料儲存。

第一項保稅帳冊之建立，管理局得依實際情形，要求園區事業設置電腦及相關連線設備，以電子資料處理有關帳冊，並由管理局會同海關設立農業科技園區保稅稽核管理資訊系統處理之。

園區事業進口之非保稅原料、物料，可與其他保稅原料、物料相互替代使用者，應一併登列於原料、物料帳管理，並於年度結算時分項列明，合併計算。

園區事業有關保稅之帳冊及編製之表報，應於年度盤存結束後，保存五年；其有關之憑證應保存三年。

前項有關之憑證，園區事業得於盤存結案後報經海關核准，以微縮影片、磁帶、磁碟片、光碟片或其他電子媒體等按序攝錄後，依前項規定年限保存，其原始單證得予銷毀。但海關依法進行查案時，如須複印單證及有關文件，園區事業應負責提供。

管理局及海關因稽核或監管需要，得查閱園區事業保稅帳冊、表報，並得派員持憑公文查閱其他帳冊、表報及憑證，園區事業不得拒絕。

園區事業依野生動物活體及產製品輸出入審核要點進口經農業主管機關通案核准或個案申請首次輸入審查同意之觀賞水族動物，於保稅期間內因存放、蓄養或繁殖致數量增加時，應檢附說明文件報經管理局核定後，立即按增加數量登帳，並於次月五日前按上月新增數量製作彙總表送交管理局，並副知海關；保稅輸入觀賞水族動物之母體依進口貨品規定辦理報關完稅進口後，其於保稅期間內所生之子代非屬保稅貨品，免依進口貨品規定辦理報關課稅，由管理局核准輸往課稅區後，按核准數量自行除帳。

前項觀賞水族動物屬第三條第一項應進儲於管理局指定場所者，於存倉蓄養過程致數量增加時，其增加之子代，不得輸往其他保稅區或課稅區。園區事業應於子代出生七日內檢附說明文件向管理局報備並按增加數量登帳，並副知海關。

園區事業應每年盤存一次，每二年會同會計師盤存一次，並於年度盤存前編列保稅原料、物料、半製品、成品及機器、設備以及供貿易用成品盤存清冊、盤存卡，以憑查核。但盤存清冊所列保稅貨品，如有固定儲位，並以電腦控管或採自動倉儲盤存時，得依分區按儲位依序列印盤存清冊者，得免附盤存卡。

經海關認證為安全認證優質企業或保稅帳冊製作完善，保稅貨品管理健全之園區事業，得於會同會計師盤存之年度盤存日或盤存期限屆滿日一個月前，向海關申請免會同會計師盤存；海關應於接到申請書後，按所列項目（如附表二）詳實評定，其評分結果達八十五分以上者，該年度准予免會同會計師盤存。

園區事業以研究發展為主要業務且保稅貨品僅有機器、設備者，免會同會計師盤存。

第一項之會計師，以依會計師代理所得稅事務辦法規定核准登記為稅務代理人有案之會計師為限。

具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，於年度盤存，其由會計師辦理及簽證者，得免會同海關辦理。由會計師簽證之年度結算報告表，海關得免審核。

園區事業得於盤存日一個月前向海關申請辦理假日盤存。

園區事業管理制度健全，保稅貨品控管良好，於盤存當日作業前即能編妥盤存清冊，且符合下列條件之一者，得於盤存日一個月前，向海關申請辦理生產線不停工盤存：

經海關核准辦理不停工盤存之園區事業，其生產線上之保稅貨品得免編製貨品盤存卡，應提供有關生產線上保稅貨品相關表報，供稽核關員即時查核。

海關稽核關員盤存時，發現以不停工方式無法查核或有重大弊端時，得令其停工接受盤存或另訂日期停工重盤。

園區事業之盤存，其日期距上年度盤存日期最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月，如有特殊情形、事先報經海關核准者，得酌予提前或延長之。但海關及管理局認有必要時，得隨時予以盤存。

前項盤存，其未經抽查之項目事後發現錯誤時，應於盤存後二週內，在該項貨品未動用前，向海關申請複查，逾期不予受理。

園區事業應於盤存後三個月內根據盤存清冊編製保稅貨品盤存統計表及保稅原料結算報告表，連同在製品、半製品、成品盤存數折合原料分析表及內外銷成品折合原料分析表，移送海關審核。但有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。

具按月彙報資格之園區事業，其機器、設備無盤盈、盤虧者，得免編製機器、設備盤存統計表及保稅結算報告表。

第三項委由辦理盤存之會計師簽證，並於盤存日起三個月內完成簽證送交海關者，海關得免予審查。

在製品、半製品及成品盤存數折合原料分析清表、出口成品及內銷成品折合原料分析清表得以電子資料儲存備查。

園區事業辦理盤存之保稅貨品與當年度帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：

園區事業之同一種類或可相互替代使用之原料或物料，其部分為保稅，部分為非保稅，於年度結算時應一併列入盤存。

園區事業之原料盤差容許率依照海關管理保稅工廠分業分類原料盤差容許率表辦理之。

園區事業於撤銷或廢止進駐核准、解散或遷出區外前，應依下列規定辦理結束盤存：

經撤銷或廢止進駐核准、解散、遷出區外或營運不善破產而清算之園區事業，因故無法辦理結束盤存時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐；其生產性貨品攜運出區，得由管理人或貨品所有權人自行簽發生產性貨品出區證明單，送請海關查驗及補稅無誤後核准放行出區。