本總臺設臺北飛航情報中心、臺北區域管制中心、臺北航空通信中心、臺北航空氣象中心、資訊管理中心、飛航業務室、航電技術室、供應室、秘書室、人事室、會計室、政風室；並得設各近場管制塔臺、裝修區臺及其所屬各作業臺。各中心、室、塔臺、區臺掌理事項，依照本總臺組織條例及實際業務情況訂定之，並得分課、臺辦事。

臺北飛航情報中心職掌如下：

一、飛航情報資料之蒐集、整理、編輯及處理事項。

二、飛航公告之發布事項。

三、飛航及氣象諮詢之服務事項。

四、飛航前簡報之編發及簡報事項。

五、所屬人員之業務督導考核及在職訓練事項。

六、國內外長期飛航計畫書之審核及傳遞事項。

七、駕駛員地面報告之協調及傳遞事項。

八、其他交辦事項。

臺北區域管制中心職掌如下：

一、臺北飛航情報區（以下簡稱本區）內中外軍民航空器之區域管制及有關近場管制執行事項。

二、中外軍民航空器出入本區之查核管制事項。

三、本區內目視追蹤及守助事項。

四、協調空軍戰管單位共同維護空中安全事項。

五、與各鄰區管制單位作業聯繫事項。

六、所屬人員之督導考核及在職訓練事項。

七、航管案件之初步調查及相關資料提供事項。

八、航管資料統計事項。

九、其他交辦事項。

臺北航空通信中心職掌如下：

一、飛航動態、航管及航空氣象資料之傳遞事項。

二、飛航公告之傳遞事項。

三、航空公司之機航運務及業務電報之傳遞事項。

四、國內外軍民航空通訊業務之聯繫協調事項。

五、通訊時效之稽核及電報傳遞收費事項。

六、飛航動態之核對及飛航服務收費事項。

七、所屬作業單位及人員之業務督導考核及在職訓練事項。

八、其他交辦事項。

臺北航空氣象中心職掌如下：

一、本區內國內外航線有關天氣報告、天氣預報、天氣守視及危害飛航氣象資料之處理及提供事項。

二、國內民航或軍民共用機場天氣觀測、預報、颱（大）風警報之發布及提供事項。

三、航空氣象資料之統計分析及研判事項。

四、國內外航空氣象資料之蒐集及交換事項。

五、飛航諮詢服務有關氣象資料之提供事項。

六、與國內外氣象單位作業之聯繫事項。

七、所屬作業單位及人員之業務督導考核及在職訓練事項。

八、其他交辦事項。

資訊管理中心職掌如下：

一、飛航情報、飛航管制、航空通訊、航空氣象、航空助導航行及行政管理等飛航服務系統之規劃、設計、管理、監控、維護及研究改進事項。

二、飛航服務系統委外業務之、督導、考核及管理事項。

三、電腦、網路系統設備之規劃、裝設、管理及維護事項。

四、軍民雷達信號、戰航管系統及國內外通訊網路系統之介面銜接事項。

五、所屬人員之督導考核及在職訓練事項。

六、其他交辦事項。

飛航業務室職掌如下：

一、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通訊業務之規劃、建議、審核及研究發展事項。

二、本區空域運用之規劃及建議事項。

三、飛航管制案件之調查、研判與處理事項。

四、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通信人員之訓練規劃、檢定及各類業務督導、考核事項。

五、軍事演習、炮火射擊等空域申請之審核處理事項。

六、作業單位人力需求之規劃及建議事項。

七、飛航業務資料之統計、分析及提供事項。

八、其他交辦事項。

航電技術室職掌如下：

一、飛航服務設備之建立與改善計畫及各項技術資料之研究、處理審核事項。

二、設備及器材之審查、調配與資料管理事項。

三、設備改良專案預算之編擬、支用及結報事項。

四、無線電頻率及報照之申配事項。

五、航電人員訓練規劃及業務督導、考核事項。

六、航電測試儀表之修校處理事項。

七、飛航服務業務計畫、業務報告之綜合辦理事項。

八、有關民航法規之彙集整理及圖書刊物之蒐集保管事項。

九、其他交辦事項。

供應室職掌如下：

一、飛航服務設備及其所需器材之申請、提運、儲存、供應及採購事項。

二、第三至五類財產帳務管理事項。

三、軍方支援設備、器材之申請、提領、撥發及轉運事項。

四、庫儲器材之計值調整、清點作業事項。

五、呆廢設備、器材之處理事項。

六、第三至五類財產、器材盤點之查核事項。

七、航電維護單位器材供應作業輔導事項。

八、車輛以外之技術用油油料消耗之統計事項。

九、庫儲安全措施之規劃及改進事項。

十、其他交辦事項。

秘書室職掌如下：

一、公文收發、分文、繕校、稽催、檔案管理及印信典守事項。

二、一般財產物品之購置、調配供應、保管登記及處理事項。

三、本總臺各項經費、各項專款及有價證券之出納、保管、登記與核對事項。

四、現金出納與員工薪餉之領發事項。

五、辦公室、員工宿舍之管理、調配及環境清潔衛生事項。

六、第一、二類財產之管理營繕及維護事項。

七、車輛管理、調派及修護事項。

八、一般水電、消防設備之管理及修護事項。

九、勞工管理、訓練、考核、勞保及健保事項。

十、員工住宅輔購（建）辦理事項。

十一、員工膳勤業務之督辦事項。

十二、管考及公共關係事項。

十三、防護團業務處理事項。

十四、國防工業專門技術勞工緩召案件之辦理事項。

十五、文書資訊管理之執行事項。

十六、不屬其他各單位事項。

十七、其他交辦事項。

人事室職掌如下：

一、組織編制及預算員額之擬辦事項。

二、職員任免、遷調、退休及撫卹事項。

三、職員考績、考成及獎懲事項。

四、新進職員之甄審及分發事項。

五、專門技術訓練以外之訓練進修事項。

六、公保、全民健保、退撫基金及康樂、福利互助辦理事項。

七、職員薪給、各項加給及加值班費之查核事項。

八、職員差假勤惰之辦理與登記事項。

九、國防工業專門技術員工緩召案件之辦理事項。

十、人事資料查核、登記、統計及表報事項。

十一、人事規章之擬訂、修正及建議事項。

十二、人事業務研究發展事項。

十三、人事行政資訊管理業務之推行事項。

十四、其他交辦事項。

會計室職掌如下：

一、年度預算及分配預算之籌劃編擬事項。

二、預算執行及財務之審核、監督事項。

三、年度決算之編擬事項。

四、經費流用、追加減預算及保留款項之陳報事項。

五、編製作業基金運用績效報告，並檢討分析、標明成本效益比較及改進建議事項。

六、現金、票據、證券、財產物品之增減、保管、移轉之查校及有關財物契約之審核簽證事項。

七、會計報告之編製暨收支憑證之保管、備查事項。

八、財物購置、變賣、營繕工程之會監、會驗事項。

九、業務上應用統計之蒐集、登記、整理、分析編報事項。

十、本室會計人員之任免、遷調、考核、獎懲之擬辦事項。

十一、增進財務上效能及減少不經濟支出之建議事項。

十二、其他交辦事項。

政風室職掌如下：

一、政風法令之擬訂及宣導事項。

二、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。

三、政風考核獎懲及興革建議事項。

四、公務機密維護事項。

五、危害及破壞事件之預防事項。

六、公職人員財產申報事項。

七、協助處理陳情請願事項。

八、有關員工任用、升遷、獎懲及入出境申請等會辦事項。

九、其他交辦事項。

近場管制塔臺職掌如下：

一、軍民儀器飛航航空器之飛航管制作業事項。

二、輕型航空器目視飛航通訊追蹤及守助服務事項。

三、與各相關戰、航管單位協調聯繫事項。

四、機場管制作業事項。

五、航管案件之初步調查及有關資料提供事項。

六、所屬人員之業務督導、考核及在職訓練事項。

七、航管資料統計事項。

八、其他交辦事項。

裝修區臺職掌如下：

一、助航、電達、通信、氣象、動力、助航燈光及空氣調節等設備之裝設、改善、管理及維修等事項。

二、重大助導航新建工程之配合辦理事項。

三、所屬單位及人員之業務督導考核、在職訓練及技術支援事項。

四、飛測機測試電子設備之修校事項。

五、助導航設施之臨時性飛航公告通知發布事項。

六、其他交辦事項。