醫師於接受專科醫師訓練前，應先通過專門職業及技術人員高等考試醫師牙醫師中醫師藥師考試分階段考試規則所定醫師第二階段考試（以下稱第二階段考試），並完成畢業後綜合臨床醫學訓練（以下稱一般醫學訓練）；其訓練期間如下：

醫師領有外國之專科醫師證書，經中央衛生主管機關認可者，得不受前項應先完成一般醫學訓練規定之限制。

中醫學系選醫學系雙主修應屆畢業生，於通過中醫師考試，未通過醫師第二階段考試前，得先接受一般醫學訓練；於接受一般醫學訓練日起六個月內，未通過醫師第二階段考試者，應即中止接受訓練；其訓練資歷，以採計六個月為限。

中華民國一百年七月三十一日以前，自國內醫學系、中醫學系選醫學系雙主修畢業者，得於畢業後接受一般醫學訓練；於一百零一年六月三十日以前，未領有醫師證書者，應即中止接受訓練，並停止採計訓練年資。

符合前項情事之畢業生，得不受第一項規定之限制。

中央衛生主管機關得就一般醫學訓練，辦理訓練申請人與受理訓練之醫療機構間之選配及分發，並得委託民間專業機構、團體辦理。

前項選配分發之申請資格、程序、作業方式、受理訓練之醫療機構名稱及其年度配額，由中央衛生主管機關每年公告之。

醫師依本辦法所定之分科完成專科醫師訓練，或領有外國之專科醫師證書經中央衛生主管機關認可者，得參加各該分科之專科醫師甄審。

前項甄審，各科每年至少應辦理一次。但中央衛生主管機關得依專科醫師人力供需情況增減之。

中央衛生主管機關辦理專科醫師甄審，應訂定甄審原則，其內容包括左列事項：

前項第四款、第五款所定專科醫師證書有效期限及每次展延之期限，最短為三年，最長為六年。

第一項專科醫師甄審，中央衛生主管機關得邀請專家、學者組成甄審小組為之。

中央衛生主管機關得依醫師法第七條之一第二項規定，委託專科醫學會辦理專科醫師甄審之初審工作。

專科醫學會接受委託後，其初審工作應依中央衛生主管機關所定甄審原則，並組織甄審委員會辦理之。

前項初審工作每次辦理時間、地點及甄審委員會委員之人選，應於辦理初審之日起一個月前，報請中央衛生主管機關備查。

經專科醫師甄審合格者，得向中央衛生主管機關申請發給專科醫師證書；專科醫師證書遺失、損壞，申請補發、換發者，亦同。

前項專科醫師證書之發給或補發、換發，應載明其專科分科別及有效期限。

專科醫師得於其專科醫師證書有效期限屆至前六個月內，檢具符合第十一條第一項第五款規定條件之證明文件，向中央衛生主管機關申請更新。但有特殊理由，未能於期限前申請更新，經檢具書面理由及證明文件，向中央衛生主管機關申請延期更新並經核准者，得於其專科醫師證書有效期限屆至之日起一年內，補行申請。

中央衛生主管機關得委託民間相關專業機構、團體辦理前項專科醫師證書更新申請之審查。