本院經費來源如下：

前項第一款之政府核撥及捐（補）助經費，包括人事費、相關主管機關交辦本院事項、本院各核設施之除役、清理及復育、放射性廢棄物之處理、貯存及處置、建築物與固定設備等重要設施維持及其他原子能科技研究發展所需經費。

第一項第二款之捐贈，視同對政府之捐贈。

本院應訂定組織章程、人事管理、會計制度、內部控制、稽核作業及其他規章，提經董事會通過後，報請監督機關備查。

本院就其執行之公共事務，於不牴觸有關法律或法規命令之範圍內，得訂定規章，並提經董事會通過後，報請監督機關備查。

本院設董事會，置董事十一人至十五人，由監督機關就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：

前項第一款之董事，不得低於董事總人數二分之一。

第一項董事，任一性別不得少於總人數三分之一。

本院置監事三人至五人，由監督機關就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：

監事應互選一人為常務監事。

第一項監事，任一性別不得少於總人數三分之一。

董事、監事任期為三年，期滿得續聘一次。續聘人數應達其總人數三分之一以上，並不得逾其總人數三分之二。

依第六條第一項第一款及前條第一項第一款規定代表政府機關（構）出任之董事、監事，應依其職務異動改聘，不受前項續聘次數之限制；依第六條第一項第二款、第三款及前條第一項第二款、第三款規定聘任之董事、監事，任期屆滿前出缺者，由監督機關遴選提請行政院院長補聘之，其任期至原任者任期屆滿為止。

本院董事、監事之遴聘、解聘、補聘之方式及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。

本院置董事長一人，由監督機關就董事中提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同。

董事長之聘任、解聘、補聘之方式及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。

董事長對內綜理本院一切事務，對外代表本院；其因故不能執行職務時，由其指定之董事代行職權，不能指定時，由董事互推一人代行職權。

董事長初任年齡不得逾六十五歲，任期屆滿前年滿七十歲者，應即更換。但有特殊考量，經行政院核准者，不在此限。

董事會每三個月開會一次；必要時，得召開臨時會議，由董事長召集，並擔任主席。

董事會會議應有過半數董事之出席，其決議應有出席董事過半數之同意。但前條第一款至第七款之決議，應有董事總人數過半數之同意。

監事之職權如下：

監事單獨行使職權，常務監事應代表全體監事列席董事會會議。

董事、監事、院長或與該等職務相當之人及其關係人之利益迴避事項，依公職人員利益衝突迴避法之規定辦理。

違反前項規定致本院受有損害者，行為人應對本院負損害賠償責任。

第一項人員違反公職人員利益衝突迴避法之規定者，除依該法規定處罰外，監督機關並得為適當之處置；其處置規定，由監督機關定之。

有下列情事之一者，不得聘任為董事、監事：

董事、監事有前項情形之一，或無故連續不出席、列席董事會會議達三次者，應予解聘。

董事、監事有下列各款情事之一者，得予解聘：

前項各款情形，監督機關於解聘前，應給予當事人陳述意見及申辯之機會。

本院置院長一人，專任，由董事長提請董事會通過後聘任之；解聘時，亦同。院長依本院規章、董事會之決議及董事長之授權，執行本院業務，並督導所屬人員。

第九條第四項、第十三條、第十六條、第十九條第六款有關董事及董事長之規定，於院長準用之。

監督機關應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士，辦理本院之績效評鑑；其學者專家及社會公正人士之人數，不得少於二分之一。

前項績效評鑑之方式、程序及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。

本院應擬訂發展目標及計畫，報請監督機關核定。

本院應訂定年度業務計畫及其預算，提經董事會通過後，報請監督機關備查。

本院於會計年度終了後二個月內，應將年度執行成果及決算報告書，委託會計師查核簽證，提經董事會審議，並經全體監事通過後，報請監督機關備查，並送審計機關。

前項決算報告，審計機關得審計之；審計結果，得送監督機關或其他相關機關為必要之處理。

本院進用之人員，依本院人事管理規章辦理，不具公務人員身分；其權利義務關係，應於契約中明定。

董事、監事之配偶及其三親等以內之血親、姻親，不得擔任本院總務、會計及人事職務。

董事長及院長不得進用其配偶及三親等以內血親、姻親，擔任本院職務。

本條例施行前行政院原子能委員會核能研究所（以下簡稱原機關）現有編制內依公務人員相關任用法律任用公務人員，於機關改制之日隨同移轉本院繼續任用者（以下簡稱繼續任用人員），仍具公務人員身分；其任用、服務、懲戒、考績、訓練進修、俸給、保險、保障、結社、退休、資遣、撫卹、福利及其他權益事項，均依原適用之公務人員相關法令辦理。但不能依原適用之公務人員相關法令辦理之事項，由行政院會同考試院另定辦法行之。

前項繼續任用人員中，人事、主計、政風人員之管理，與其他公務人員同。

前二項人員得依改制前原適用之組織法規，於首長以外之職務範圍內，依規定辦理陞遷及銓敘審定。

第一項及第二項人員，得隨時依其適用之公務人員退休、資遣法令辦理退休、資遣後，擔任本院職務，不加發七個月俸給總額慰助金，並改依本院人事管理規章進用。

原機關公務人員不願隨同移轉本院者，由監督機關協助安置；或於機關改制之日，依其適用之公務人員退休、資遣法令辦理退休、資遣，並一次加發七個月之俸給總額慰助金。但已達屆齡退休之人員，依其提前退休之月數發給之。

前項人員於退休、資遣生效日起七個月內，再任公務人員退休資遣撫卹法（以下簡稱退撫法）第七十七條第一項各款所列職務之一且每月支領薪酬總額超過法定基本工資，應由再任機關扣除其退休、資遣月數之俸給總額慰助金後，收繳其餘額，並繳回監督機關。

前二項所稱俸給總額慰助金，指退休、資遣當月所支本（年功）俸與技術或專業加給及主管職務加給。

原機關現有依聘用人員聘用條例及行政院與所屬中央及地方各機關約僱人員僱用辦法聘用及約僱之人員（以下簡稱原機關聘僱人員），其聘僱契約尚未期滿且不願隨同移轉本院者，於機關改制之日辦理離職，除依各機關學校聘僱人員離職給與辦法規定辦理外，並依其最後在職時月支報酬為計算標準，一次加發七個月之月支報酬。但契約將屆滿人員，依其提前離職之月數發給之。

前項人員於離職生效日起七個月內，再任退撫法第七十七條第一項各款所列職務之一且每月支領薪酬總額超過法定基本工資，應由再任機關扣除離職月數之月支報酬後，收繳其餘額，並繳回監督機關。

原機關聘僱人員於機關改制之日隨同移轉本院者，應於改制之日辦理離職，並依各機關學校聘僱人員離職給與辦法規定辦理，不加發七個月月支報酬，並改依本院人事管理規章進用。

原機關現有之工友（含技工、駕駛）（以下簡稱原機關工友），不願隨同移轉本院者，由監督機關協助安置；或於機關改制之日依其適用之退休、資遣法令辦理退休、資遣，並一次加發七個月之餉給總額慰助金。但已達屆齡退休之人員，依其提前退休之月數發給之。

前項人員於退休、資遣生效日起七個月內，再任退撫法第七十七條第一項各款所列職務之一且每月支領薪酬總額超過法定基本工資，應由再任機關扣除其退休、資遣月數之餉給總額慰助金後，收繳其餘額，並繳回監督機關。

前二項所稱餉給總額慰助金，指退休、資遣當月所支本（年功）餉及專業加給。

原機關工友於機關改制之日隨同移轉本院者，應於改制之日依其適用之退休、資遣法令辦理退休、資遣，不加發七個月餉給總額慰助金，並改依本院人事管理規章進用。

本院之會計年度，應與政府會計年度一致。

本院之會計制度，依行政法人會計制度設置相關法規訂定。

本院財務報表，應委請會計師進行查核簽證。

本院因業務必要使用之公有財產，得價購或由政府機關（構）採捐贈、出租或無償提供使用方式為之；採捐贈者，不適用預算法第二十五條及第二十六條、國有財產法第二十八條及第六十條相關規定。

前項價購公有土地之價款，以當期公告土地現值為準。地上建築改良物之價款，以稅捐稽徵機關提供之當年期評定現值為準；無該當年期評定現值者，依公產管理機關估價結果為準。

本院以政府機關核撥經費指定用途所購置之財產，為公有財產。

第一項出租、無償提供使用及前項之公有財產以外，由本院取得之財產為自有財產。

第一項無償提供使用及第三項之公有財產，以本院為管理人，所生之收益，列為本院之收入，不受國有財產法第七條第一項規定之限制；其保管、使用、收益等相關事項之辦法，由監督機關定之。

公有財產用途廢止時，應移交各級政府公產管理機關接管。

本院接受捐贈之公有不動產不需使用時，應歸還原捐贈機關（構），不得任意處分。

政府機關核撥本院之經費，應依法定預算程序辦理，並受審計監督。

前項經費超過本院當年度預算收入來源百分之五十者，應由監督機關將本院年度預算書，送立法院審議。

本院自主財源及其運用管理相關事項，由本院訂定收支管理規章，報請監督機關備查。

本院之採購作業，應本公開、公正之原則，除符合我國締結之條約、協定或政府採購法第四條所定情形，應依各該規定辦理外，不適用政府採購法之規定；其採購作業實施規章，應報請監督機關核定。

前項應依政府採購法第四條規定辦理之採購，於其他法律另有規定者，從其規定。

本院之相關資訊，應依政府資訊公開法相關規定公開之；其年度財務報表、年度業務資訊及年度績效評鑑報告，應主動公開。

前項年度績效評鑑報告，應由監督機關提交分析報告，送立法院備查。必要時，立法院得要求監督機關首長率同本院之董事長、院長或相關主管至立法院報告營運狀況並備詢。

本院因情事變更或績效不彰，致不能達到設立目的時，由監督機關提請行政院同意後解散之。

本院解散時，繼續任用人員由監督機關協助安置，或依其適用之公務人員法令辦理退休、資遣；其餘人員，終止其契約；其賸餘財產歸屬國庫；其相關債務由監督機關概括承受。