本署置總工程司一人，職務列簡任第十一職等至第十二職等；主任秘書一人，組長八人，職務均列簡任第十一職等；副總工程司五人，職務列簡任第十職等至第十一職等；副組長八人，職務列簡任第十職等；專門委員十二人，主任一人，職務均列薦任第九職等至簡任第十職等；科長四十二人，職務列薦任第九職等；正工程司六十九人至七十三人，秘書十人至十二人，視察十五人至二十二人，分析師一人至三人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中正工程司二十三人，秘書四人，職務得列簡任第十職等；副工程司七十四人，專員十九人至二十二人，職務均列薦任第七職等至第八職等；設計師一人至二人，管理師一人至二人，職務均列薦任第六職等至第八職等；助理工程司六十三人，科員四十三人至四十六人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；助理設計師一人，職務列委任第四職等至第五職等；辦事員十人至十四人，職務列委任第三職等至第五職等；書記四人至十人，職務列委任第一職等至第三職等。

本條例施行前，原經濟部水資源局原依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具公務人員任用資格者，得占用前項書記職缺，繼續僱用至離職時為止。

本署為應災害防救及河川勘測業務需要，得設水利防災中心及河川勘測隊。

前項水利防災中心置主任一人，勘測隊置隊長一人，均由簡任正工程司兼任；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本署視實際業務需要，得於重要地區及河川流域設各區水資源局及各河川局；其組織另以法律定之。

本署為辦理水利事業之調查、試驗、研究及規劃事項，得設水利規劃試驗所；其組織另以法律定之。

本署為辦理臺北水源特定區之水庫集水區保育、治理及管理工作，得設臺北水源特定區管理局；其組織另以法律定之。

本署為統籌經營管理重要流域內之水資源涵養、開發利用、水害防治及保育工作，得設流域管理機關；其組織另以法律定之。