海關選定事後稽核案件後，除應於進出口貨物放行之翌日起六個月內以書面通知被稽核人實施事後稽核外，應視案件需要，依下列作業程序辦理：
一、執行事後稽核前，應以書面記載下列事項，通知被稽核人。
（一）執行事後稽核之事由及法令依據。
（二）被稽核人之姓名或名稱及住居所、公司所在地、營業場所、生產經營場所。
（三）稽核期日及場所。
（四）應備妥待查之帳冊、單據等資料。
（五）被稽核人得委任代理人。
（六）拒絕稽核之處理。
（七）稽核機關。
二、必要時召開稽核會議，並得請相關人員及被稽核人參加。
三、視案件需要，得請被稽核人填答問卷。
四、至被稽核人場所調查時，依下列規定辦理：
（一）稽核人員不得少於二人，必要時得請相關業務人員共同前往。
（二）稽核人員應出示財政部關務稽查證，並先確認接受訪談人之身分，如係代理人接受訪查，應確認代理人之身分及其代理權限。
（三）稽核人員應製作談話紀錄，並請被稽核人簽認。
五、被稽核人提供之文書、資料或物品，海關應掣給收據，並應於提送齊全之翌日起十四日內發還之。其有特殊情形經海關主管核准者，得視實際需要延長發還時間，並應將延長發還理由通知被稽核人。但所提供文件為影本者，不在此限。
六、查案結束後，稽核人員應將稽核結果繕具稽核報告。