貨棧得由海關依職權核定，或由業者申請經海關核准後，實施自主管理。已實施自主管理之貨棧，海關不派員常駐。但實施初期，海關得派員指導。

前項實施自主管理之條件、事項及審查作業規定，依有關法令規定辦理。

貨棧實施自主管理應指定專責人員依海關規定辦理前項經海關核准實施自主管理之事項。海關得定期或不定期稽核之，其稽核作業規定由海關定之。

依本辦法設置之貨棧，除因特殊情形，經海關核准者外，應分兩種：

航空貨物集散站內設置之進出口貨棧，依本辦法規定辦理。

貨棧之設置，須為堅固之建築，且具有防盜、防火、防水、通風、照明及其他確保存貨安全與便利海關管理與驗貨之設備。貨棧業者所設地磅（秤）、油量計應合乎標準；地磅每年、油量計每兩年，應委請經濟部標準檢驗局派員檢定合格。

經依第十七條申請核准存儲貨物之露天處所，應與外界有明顯之區隔。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，不在此限。

貨棧業者應設置電腦及相關連線設備以電子資料傳輸方式處理業務。但倉儲業務量少者，不在此限。其作業規定，由海關訂定公告之。

已設置之貨棧，海關得公告限期要求設置電腦及相關連線設備處理業務。

進口貨棧應於倉庫內設置專用倉間，存儲破損或貴重貨物。對於逾期未報關、逾期未提領貨物之存儲場所應有明顯之區隔。

專營或兼營轉口貨物之貨棧，應設轉口貨物專用倉間並派專人監管。

申請設置貨棧者應備具下列各文件送經當地海關實地勘察後，核准登記之。但航空貨物集散站，應先經交通部核准籌設後，始得向海關申請進出口貨棧核准登記。

前項第三款及第四款之文件，申請人如為政府機關或公營事業者，除平面圖外，得予免送。

經核准登記之貨棧，應於核准登記之翌日起十日內，向海關繳納保證金新臺幣十五萬元，以完成登記。

繳納前項保證金之貨棧業者如為政府機關或公營事業，得予免繳。

經完成登記之貨棧，由海關發給貨棧登記證，並應每二年定期向海關辦理複勘及校正。

貨棧登記證遺失時，應即申請補發。

經完成登記之貨棧，其有下列情形之一者，應向有關主管機關辦理變更登記，並於核准變更登記之翌日起三十日內向經管海關辦理變更登記換發登記證。

經完成登記之貨棧，其貨棧地點或面積變更，應報請監管海關核准。

經完成登記之貨棧，因故結束營業並向海關辦理廢止其貨棧登記證者，應清空貨棧所儲存之貨物，並繳清相關規費、稅款及罰款。

貨棧大門、進口倉庫、出口倉庫、轉口倉庫（間）、海空或空海聯運轉口貨物拆櫃區、快遞貨物專區、機邊驗放倉庫（間）、貴重物品儲存專用倉間、扣押庫及其他海關認為有必要之處所，須設置二十四小時連續錄影或動態偵測錄影、具回放及燒錄功能、並能存檔三十日以上且運作正常之閉路電視監控系統，連線至海關辦公室或其他場所，供海關查核及即時監看貨況。但設立於港口機場管制區內，以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。

前項監控系統檔案存檔期間，海關認有必要時，得命業者延長存檔至九十日以上。

海運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，應由貨棧業者擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單訊息，憑以卸貨進倉；未連線者應憑書面文件辦理。空運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，應由運輸業憑該班機進口艙單，向海關申請卸貨進倉，並將進口艙單送卸存貨棧，憑以卸貨進倉。但須卸存機場管制區以外地區之貨棧者，應由運輸業者或承攬業者檢具其與貨棧業者共同簽章具結之空運貨物特別准單申請書，申請核發空運貨物特別准單。

空運進口或轉運貨物應於卸存航空貨物集散站之貨棧之翌日起三日內拆櫃、拆盤。但軍政機關進口及無法拆櫃、拆盤進倉貨物經向海關申請核准者，不在此限。

貨棧業者點收進口、轉運或轉口貨物無訛後，應立即辦理進倉作業。

前項貨物進倉後，空運貨棧及快遞專區貨棧業者應即以電腦發送進（轉）口貨物進倉訊息至海關或海關核可平臺；海運貨棧業者得於海關核可平臺辦理登錄作業，替代傳輸進倉訊息。

專營或兼營轉口貨物之貨棧，進行轉口貨物之拆包、分批及加貼航空（郵）標籤作業，應事先以書面向海關申請核准，並經關員監視，於轉口貨物專用倉間內為之。

海進海出之轉口貨物須於進口貨棧內之轉口倉庫、轉口倉間或其他經海關核准之場所裝櫃者，應事先以書面向海關申請，經核准後，於關員監視下辦理裝櫃；裝櫃完成後應即加封，並申辦移儲至港口貨櫃集散站轉口櫃專區或碼頭專區。但移儲於同一區段碼頭內者，免填貨櫃（物）運送單。

經海關核准轉運之轉口貨物，除前項轉口貨物外，其須裝櫃、打盤者，海關得核准直接運往儲存一般出口貨物之貨棧，在關員監視下辦理裝櫃、打盤作業。

海空聯運之轉口貨櫃進入空運貨棧時，貨棧業者應即時通知海關到場監視，始得辦理收櫃、剪封及拆櫃作業。

存倉貨物應依提單或提貨單分別堆置，不得相混。

經海關核准實施自主管理之貨棧，貨物之儲存以電腦自動化控管儲位，海關可於線上隨時查核者，得不受前項之限制。但同一棧板上不得放置不同提單之貨物。

貨物之包件過重或體積過大或有其他特殊情形者，得經海關核准，存儲於貨棧之露天處所。但須將進出口貨物分區堆置，其安全與管理仍由該貨棧業者負責。

前項露天處所須鄰接已登記之貨棧。但設置於國際港口、國際機場、自由貿易港區之管制區內或鄰接之土地如被政府徵收而被分割者，不在此限。

存棧之進口、轉運或轉口貨物，貨棧業者應驗憑海關放行通知、提貨單、轉運准單或其他海關核准文件，核對船名、航次或班機航次與貨物之標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛，並依海關指示通知完成貨物之監視、押運、加封電子封條或儀器檢查等辦理事項後，方准提貨出棧。

前項提貨單，貨主得與貨棧業者合意以其他書面或電子文件代之。但貨棧業者應將合意結果通知海關。

貨棧業者對第一項所列准憑提貨出棧之單據、文件，應於貨物提領完畢時即予收回，於提貨單上加蓋「貨物已全部出倉，本提貨單註銷」戳記，並按艙單別裝訂，妥為保管，如為部分提貨者亦應加蓋「本提貨單××部分出倉」戳記，俟貨物全部提清時予以收回，並加蓋「貨物已全部出倉，本提貨單註銷」戳記後，裝訂保管，如依前項規定，以其他書面或電子文件取代提貨單辦理提貨者，應留存提貨紀錄備查；應於轉運准單上加蓋「本批貨物已辦妥轉運」戳記後，裝訂保管；或於海關核准文件上加蓋「本批貨物已辦妥出倉」戳記後，裝訂保管。

前項提貨單或提貨紀錄、轉運准單及其他海關核准文件，應自提貨或轉運作業完成翌日起保存二年。

貨棧業者點收出口貨物無訛後，應立即辦理進倉作業，進倉完畢應出具進倉證明，並立即傳送海關。

存棧之出口貨物，貨棧業者應驗憑海關放行通知、裝貨單或託運單，核對裝運之船名、航次或班機航次及貨物之標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛，並依海關指示通知完成貨物之監視、押運、加封電子封條或儀器檢查等辦理事項後，方准提貨出棧裝運。

同一貨主之空運出口貨物經貨棧業者及運輸業者同意，得辦理整盤（櫃）進倉。但應查驗或抽中查驗之貨物，仍應拆盤（櫃）供海關查驗。

存棧已報關放行之出口貨物，須辦理退關者，貨棧業者應將其隔離堆置，且明顯標示，並查對出口貨物後，於出口貨物退關報告單簽證。

前項退關貨物貨主提領出棧時，應繕具申請書經海關核准，並經駐棧關員簽章後，由貨棧業者核對貨物之標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛後，方准出棧。

存棧之進口、出口或轉運、轉口貨物，如須公證、抽取貨樣、看樣或進行必要之維護等，貨主應向海關請領准單，貨棧業者須依准單指示在關員監視下辦理，其拆動之包件應由貨主恢復包封原狀。但政府機關基於貨品檢驗（疫）需要所為之抽取貨樣、看樣作業，貨棧業者依該機關核發之文件辦理。

存棧進出口或轉運、轉口貨物之加做或更正標記、箱號或航空標籤號碼及出口貨物之重新包裝、加裝、打件等，均須經海關核准並經駐棧關員簽章後，由貨棧業者監視辦理。

存棧之進口貨物如有溢卸、短卸情事，貨棧業者應依下列期限內繕具報告。須註銷或更正者，應於原申報短卸或溢卸報告送達海關翌日起三日內為之。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：

存棧貨物如有破損情事，貨棧業者應立即繕具損壞、變質或損失貨物清單，送由載運該貨物之運輸工具管理貨物人員或承攬業者副署後，逕送海關查核。

貨棧業者對存棧貨物及經海關扣押或預定扣押之貨物，應善盡保管之責任。

海關依據海關緝私條例或其他規章應處理之貨棧存貨，得憑海關扣押貨物收據或提取貨物憑單隨時將存儲於貨棧之該項貨物押存海關倉庫，貨棧業者不得拒絕。

第十九條第二項、第五項及第二十一條第二項所稱經或並經駐棧關員簽章之規定及第十五條第五項至第七項規定關員監視之事項，於實施自主管理之貨棧得免辦理。

第十五條第二項所稱逾期未拆櫃、拆盤應由海關監視事項，經核准實施自主管理，未經海關派員監視者，免徵收特別監視費。

貨棧業者有欠繳稅款、規費或罰鍰時，海關得就其所繳保證金抵繳。

保證金因前項抵繳而不足時，貨棧業者應於海關通知之翌日起一個月內補繳其差額。

貨棧業者違反第七條、第十三條、第十四條、第十五條第一項、第三項至第八項、第十六條、第十七條、第十九條第一項、第四項之退關貨物隔離堆置及明顯標示義務、第二十條、第二十一條或第二十三條規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。

貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。

貨棧業者違反第十三條之一、第十三條之二、第十八條第一項、第十九條第二項、第五項或第二十五條第一項規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣一萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。

貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。

依本辦法設立之貨棧應由貨棧業者與海關共同聯鎖。但經海關核准實施自主管理之貨棧，得免之。

前項所用之聯鎖由貨棧業者送經海關選定，並以副鑰匙一枚封存於棧內適當地點，以備於貨棧發生火警或其他緊急事故不及會同海關開鎖時啟用，啟用後貨棧業者應即通知海關，並以書面向海關核備。