凡繳入國庫存款戶之收入款項，經原收入機關發現有錯或依據法令規定，應予退還全部或一部者，其處理程序如下：

前項第三款辦理收入退還作業，得運用網路採電子簽章方式，將繳款書及收入退還書傳送財政部國庫署辦理轉帳。

收入機關應將機關長官或其授權代簽人員之印鑑卡，送辦理退款之代庫機構，以備查驗，更換時亦同。

代庫機構將各機關繳回之支出收回款項列收國庫存款戶後，應將有關資料送由國庫總庫彙轉財政部國庫署。

財政部國庫署收到前項資料後，應為增加原支用機關歲出分配預算或當年度其他支付法案款項餘額之登記。

支用機關依國庫法第六條規定自行保管支用之款項，其支出收回，應由該支用機關逕向原債權人收回，並列入會計報告。

前項自行保管支用之款項，年度終了有賸餘時，應由該支用機關填具支出收回書，連同應繳回之款項，一併繳還國庫。

收入退還，屬於當年度或以前年度者，均在原收入科目內退還之。如退還以前年度收入，本年度無原科目收入者，應以支出科目「退還以前年度歲入」列帳。

支出之收回，屬於當年度者，應填具支出收回書，在原支出科目內收回之；屬於以前年度者，應填具繳款書，區分原支出性質，分別以「收回以前年度歲出」或「收回以前年度經費賸餘」科目繳還國庫。但各機關以暫付款科目撥付之款項（包括當年度預算之暫付款及以前年度歲出應付款之暫付數），經收回者，得由各機關依照預算所定用途繼續支用，並填具支出收回書，列明原預算支出科目向國庫繳納。

本辦法自發布日施行。

本辦法修正條文，除中華民國一百零二年八月六日修正發布之第六條，自一百零二年一月一日施行外，自發布日施行。