水污染防治費之費額計算公式如下：

事業具備以煤為燃料，且使用海水去除燃煤排氣中硫氧化物之電力設施者，其排煙脫硫後放流海水（以下簡稱燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水）之水污染防治費徵收項目，包括總汞及硫氧化物，其硫氧化物之費額計算公式如下：

事業及污水下水道系統水污染防治費之徵收項目如下：

事業及污水下水道系統所排放之廢（污）水，不含前項第三款徵收項目者，得檢具製程及廢（污）水處理程序中，不使用且不產出該等項目之證明文件，或排放廢（污）水含該等項目小於放流水標準最大限值百分之十之水質檢測報告，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關申請免繳納該項目當期之水污染防治費，並自下一期起得免再申報該項目。

水污染防治許可證（文件）未登載第一項第三款徵收項目者，得免檢具前項規定文件，免申報繳納該項目之水污染防治費。

水污染防治許可證（文件）僅登載三價鉻或六價鉻者，應申報繳納總鉻徵收項目之水污染防治費。

燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水，其水質低於放流水標準最大限值者，硫氧化物費額依下列優惠方式徵收：

前項放流水之氫離子濃度指數，應依申報繳費當期排煙脫硫設備運作期間水質自動監測設施傳輸之有效數據，以下列公式計算：

前項水質自動監測設施，應於排煙脫硫廢水排入海域水體前之最終放流口或經中央主管機關認可具代表性之適當位置設置。在自動監測設施設置完成前或故障期間，得以人工每日採樣檢測數據替代，且應保留相關紀錄備查。

當期監測氫離子濃度指數小於七．六及大於八．五之日數，超過申報繳費當期總日數之比率達百分之五以上時，其費額不適用第一項所定優惠方式。

事業及污水下水道系統之排放水質，依下列方式之一計算：

有前條第一款至第六款情形之一者，該期排放水質依該業別或海放管放流水標準最大限值計算。但該業別或海放管放流水標準最大限值低於主管機關之查核檢測值時，以主管機關之查核檢測值計算。

第一項第三款水質自動監測數據之計算公式規定如下：

事業及污水下水道系統依第一項第二款、第三款規定申報之水質，其數值有下列情形之一時，應以主管機關之查核檢測值計算。但主管機關之查核檢測值大於該業別或海放管放流水標準最大限值百分之九十時，依第一項第一款規定計算：

第二項及前項之主管機關查核檢測值，於申報繳費當期同一徵收項目如有二筆以上數值時，以算術平均值進行比對及計算。

第一項第二款之水質檢測值為未檢出（N.D.），且其方法偵測極限值（MDL）大於該項目放流水標準最大限值百分之十者，則以方法偵測極限值申報計算。

事業及污水下水道系統之排放水量，依下列方式之一計算：

有第十二條第一款至第五款情形之一，且取得水污染防治許可證（文件）者，該期排放水量依其水污染防治許可證（文件）登記之每日核准排放量計算。但水污染防治許可證（文件）登記之每日核准排放量低於主管機關之查核量時，以主管機關之查核量計算。

有第十二條第三款情形且未取得水污染防治許可證（文件）或有第十二條第六款情形者，該期排放水量依申報繳費當期前一年全國該業別水污染防治許可證（文件）登記之前百分之五十之每日核准排放量平均值計算。但該每日核准排放量平均值低於主管機關之查核量時，以主管機關之查核量計算。

前項事業及污水下水道系統得以實際量測水量或各項用水來源之憑證、水量平衡圖、水污染防治許可證（文件）申請資料、事業規模、其他足以佐證水量等估算資料先行申報排放水量，並於接獲主管機關通知後，應於期限內將相關資料提報主管機關審查。未提報者，逕依前項規定方式計算。

累計型流量計測設施校正期間，無法計測之水量，以申報當期流量計測設施設置之日平均水量計算。

事業或污水下水道系統應依實際運作情形申報排放水量，以水污染防治許可證（文件）登記之每日核准量計算者，得以申報繳費當期實際運作日數先行計算及申報排放水量，並於接獲主管機關通知後，應於期限內將相關資料提報主管機關審查。未提報者，逕依水污染防治許可證（文件）登載之排放日數計算。

第五條第二項燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水之硫氧化物量，依下列方式計算：

採前項計算方式者，不適用第九條、第十條、第十三條、前條、第十八條、第十九條及第二十四條第一項第一款之規定。

事業及污水下水道系統應於每年一月三十一日前，申報繳納前一年七月至十二月之水污染防治費；每年七月三十一日前，申報繳納當年一月至六月之水污染防治費。

事業及污水下水道系統應依中央主管機關規定之格式，以網路傳輸方式填具水污染防治費申報資料，並至中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納水污染防治費後，向中央主管機關申報。但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。

事業及污水下水道系統因歇業、污染源設備拆除或其他因素致無須繳納水污染防治費者，當期繳納日數以該期實際運作日數計之，並得於事實發生之日起三十日內，檢具相關證明文件，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關辦理結算及停徵作業。

事業及污水下水道系統因製程及操作條件改變，致水污染防治費徵收項目增加或減少者，應於完成水污染防治許可證（文件）核准變更日起，調整該徵收項目之水污染防治費。

前項水污染防治費費額，依下列方式計算：

中央主管機關為執行水污染防治費審查及查核作業，得通知事業及污水下水道系統於十五日內提報下列資料：

事業及污水下水道系統未能於十五日內提報前項相關資料者，得於期限屆滿前，向中央主管機關申請展延一次，展延期間不得超過十五日。

事業及污水下水道系統申報之水污染防治費，有下列情形之一，中央主管機關得逕依其運作情形、主管機關查核結果或其他有關資料，核定其應繳納之水污染防治費：

有前項第三款情形者，主管機關得以實際量測、各項用水來源之憑證、水量平衡圖等資料推估核算其排放水量。

事業及污水下水道系統申報繳納之水污染防治費，經審查核算不足者，應依期限補足差額；溢繳者，充作其後應繳納費額之一部分或依其申請退還溢繳之費用。

前項溢繳金額未達新臺幣二千元者，不予退還，充作其後應繳納費額之一部分。

事業及污水下水道系統，有下列情形之一者，免繳納水污染防治費：

前項第一款未全量納入專用或公共污水下水道系統者，應就其未納入且排放於地面水體之廢（污）水，繳納水污染防治費。全量納入專用污水下水道系統者，由其納入之污水下水道系統繳納水污染防治費。

事業、污水下水道系統排放廢（污）水有下列情形之一者，免繳納該部分廢（污）水之水污染防治費：

事業及污水下水道系統有下列情形之一者，得免繳納水污染防治費：

符合前項之規定者，仍應依第十六條規定申報水污染防治費。

事業及污水下水道系統因天然災害或其他不可歸責於己之事由，致無法依第十六條規定申報或繳納水污染防治費者，應於其原因消滅後三十日內由申報義務人檢具相關資料報經中央主管機關同意後據以調整申報或繳納期限。

本法第四十四條第一項所稱未於期限內繳納費用，指下列情形之一：

事業及污水下水道系統有偽造、變造、以故意方式短報、漏報或其他不正當方法逃漏水污染防治費者，中央主管機關得重新計算追溯五年內之應繳金額。但開徵水污染防治費未滿五年者，則自開徵日起計算追溯應繳金額。

前項追溯應繳金額，自主管機關通知限期繳納截止日之次日或逃漏水污染防治費發生日起，至繳納之日止，應依繳納期限當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息。