主管機關為違反本法規定之按次處罰，其限期改善、補正之通知書與裁處書應分別作成。

一行為同時違反數規定，或同一時間有數違規行為，主管機關應依該不同違規行為在同一限期改善或補正通知書分別作成限期改善或補正通知內容。

主管機關依本法所為限期改善、補正通知書，應記載下列事項：

第二條第三項第三款所定限期提送改善計畫書之內容，包括製程減產、維持既有廢（污）水、污泥處理設施正常操作、調整操作參數或條件、工程改善項目及預訂工程期程、功能測試執行方式及預訂執行期程等。

事業或污水下水道系統於主管機關所定改善期限內提送改善計畫書，主管機關得另核予改善計畫、功能測試執行所需之期間，該期間與提送改善計畫書之期間，合計不得超過九十日；未於期限內提送者，其改善期限即為該改善計畫書提送之期限。

事業或污水下水道系統提出改善計畫書，經主管機關同意後，應依同意之內容，執行改善。

主管機關依第二條第三項第五款規定記載完成改善、補正應檢具之證明文件規定如下：

事業或污水下水道系統屬應設置廢水處理專責人員者，依前項第一款、第二款但書及第三款規定檢具之文件，應經其所設置之專責人員確認；其水措計畫核准文件或許可證屬應經技師簽證者，依前項第二款規定檢具之功能測試報告書，應經技師簽證。

違反本法規定者經通知限期改善、補正，其改善完成認定之查驗方式規定如下：

排放廢（污）水未符合本法所定標準完成改善之認定方式，主管機關得以違反本法規定者完成第二條第三項第三款規定之事項，及其檢具許可之檢測機構出具符合本法所定標準之水質檢測報告認定之。必要時，主管機關得另行辦理水質檢驗測定查證認定之。

廢（污）水處理設施功能不足完成改善之認定方式，除以完成第二條第三項第三款規定之事項認定外，屬申請簡易排放許可文件者，另以提出符合本法所定標準之許可之檢測機構出具之水質檢測報告認定之；屬申請排放許可證者，另由主管機關審查其功能測試報告書，確認其執行方式符合本法相關規定及水質檢測結果符合本法所定標準認定之。必要時，主管機關得另以水質檢驗測定查證或功能測試認定之。

主管機關應於收受改善、補正證明文件之翌日起七個工作日內，進行完成改善、補正認定之查驗。

主管機關未於改善期限屆滿前收受改善、補正證明文件，應於改善期限屆滿翌日起五個工作日內進行現場查驗。

違反本法規定，經主管機關查驗，認定仍未完成改善或補正者，按查驗日之情事開立裁處書，並再次通知限期改善或補正。

主管機關再次通知限期改善或補正，其處分事由及應改善、補正事項與主管機關前次所為限期改善、補正通知書之記載均相同時，主管機關應審酌前次應改善、補正事項執行情形及再次違反本法規定應改善、補正事項，判定記載第二條第三項第四款所定改善、補正期限。