仲裁也是一種可採取的糾紛解決方式，參照仲裁法第1條規定，如果病患及醫療方認為未來可能有構成醫療糾紛的可能，得訂立仲裁協議，約定由仲裁人一人或單數之數人成立仲裁庭仲裁之。依據仲裁法第21條第1項規定，如果當事人未約定仲裁日期，仲裁庭應於接獲被選為仲裁人的通知日起十日內，決定仲裁處所及詢問期日，通知雙方當事人，並於六個月內作成判斷書。仲裁判斷成立後，與法院的確定判決有同一效力。