在經過了調解及仲裁等程序後，勞資雙方如果還是沒有化解爭議，則會透過訴訟的方式處理勞資紛爭。所提起的訴訟類型由勞資糾紛的內容而定，如果勞資雙方在解僱是否合法、勞動契約是否存在等事項出現爭議，勞工或工會則提起確認僱傭關係之訴；如果勞資雙方在解雇時是否給付足夠工資或資遣費等事項出現爭議，勞工或工會則提起給付工資之訴或給付資遣費之訴。

由於進行訴訟需要耗費金錢及時間，為了減輕勞工的負擔，依據勞資爭議處理法第57條規定，勞工或工會提起確認僱傭關係或給付工資之訴，暫免徵收依民事訴訟法所定裁判費的二分之一；同法第58條也規定，當勞工或工會為保全工資或資遣費的給付，有對於雇主或雇主團體聲請假扣押或假處分的必要時，法院所命擔保金額不得高於請求標的金額或價額的十分之一。

另外，假如勞資爭議已經過調解成立或仲裁，但當事人一方不依照調解或仲裁內容履行義務時，他方當事人可以依據勞資爭議處理法第59條第1項規定，向該管法院聲請裁定強制執行並暫免繳裁判費，於聲請強制執行時並暫免繳執行費。