申請科技專案補助案，經本部審查通過者，執行科技專案之學術機構或研究機構（以下簡稱執行單位），應每年撰擬年度計畫說明書送本部審查，審查通過後，除本部所屬試驗研究機構外，由本部與執行單位簽訂契約，明定雙方之權利及義務。
前項年度計畫說明書經本部審查應予補正者，經通知執行單位限期補正，屆期未補正或補正不完全者，廢止補助。
執行單位應於年度計畫說明書經審查通過之書面通知所定期限內，與本部簽訂契約。屆期未簽約者，廢止補助。
前項期限屆滿前，申請科技專案補助者得申請本部同意展延一次，且展延期間不得超過一個月。
第一項契約，應約定下列事項：。
一、計畫內容及執行期間。
二、各期工作進度、補助款之撥付條件與比率、經費之收支處理及查核。
三、契約之終止、解除事由及違約處理。
四、其他重要權利、義務事項。
第一項契約所生之爭議，依民事訴訟法相關規定辦理。