土地租金之計算方式如下：
一、管理局應就新設園區，考量其經營需求與招商狀況，訂定其年租金率，以便計算土地租金。本辦法所稱年租金率，係指年度租金占園區土地平均公告地價之比率。
二、新設園區之每月土地租金計算方式為，以該園區土地平均公告地價乘以年租金率，除以十二個月，乘以租用土地面積計算之。
三、擴建園區之土地租金按該既有園區之土地租金數額計收。但考量土地取得成本、經營需求與招商狀況，得依前二款計收。
四、公告地價如遇直轄市、縣市政府重新規定地價，每月土地租金應配合調整，其調整方式如下：
（一）平均公告地價調漲者，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，加計平均公告地價調高比例，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。但其餘額調高比例以百分之十為上限。
（二）平均公告地價調降者，於調降後之平均公告地價低於中華民國一百零四年度平均公告地價時，以原每月土地租金扣除原地價稅額十二分之一後之餘額，依當年度公告地價之調降比例調降，再加上調整後地價稅額十二分之一計算。如調降後之平均公告地價未低於中華民國一百零四年度平均公告地價，則每月土地租金不配合調降。
五、擴建園區之土地租金如按既有園區之土地租金數額計收，依前款規定調整土地租金時，園區土地平均公告地價應將既有園區及擴建園區合併計算。
六、採租用或其他方式取得土地使用權之園區，如遇土地所有權人調整土地使用權之金額時，土地租金得隨同該金額調整之。