實施自主管理業者未依第七條至第十條規定辦理自主管理事項或所屬專責人員未依第十一條規定向海關報告，由海關依關稅法第八十六條之一規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項。
實施自主管理業者有前項違規情節，且因故意或重大過失涉有私運情事者，屬違規情節重大，海關應依關稅法第八十六條之一規定，停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准。
業者經海關依前項規定廢止自主管理之核准者，自廢止之日起一年內不得重新申請實施自主管理。