主管機關就第五十二條所定事項，經審議委員會審議後，得為下列決定，由主管機關以書面敘明理由，通知學校、陳情人：
一、事件應受理而未受理者，應命學校受理。
二、認事件調查程序有重大瑕疵或有足以影響原調查認定之新事實、新證據時，主管機關得命學校繼續調查或另組調查小組進行調查。
三、認事件輔導程序有重大瑕疵者，主管機關得命學校繼續輔導或另組輔導小組進行輔導。
四、認事件學校教評會未依規定召開、審議或決議，有違法之虞，退回學校，命學校於一定期間內審議或復議。
五、認學校關於教師解聘、不續聘或終局停聘之決議，或依第四十七條第二項規定報請備查事件之終局實體處理，有前三款以外之違法原因者，主管機關得敘明理由退回學校，命學校於一定期間內繼續調查、另組調查小組進行調查或依法處理。
六、核准解聘、不續聘或終局停聘。
前項第二款所定調查程序有重大瑕疵，指有下列情形之一者：
一、調查小組組織不適法。
二、有應迴避而未迴避之情形。
三、有應調查之證據而未調查。
四、有證據取捨瑕疵而影響事實認定。
五、其他足以影響事實認定之重大瑕疵。
第一項第四款情形，學校於主管機關所定期間未依法審議或復議者，主管機關得敘明理由逕行提交專審會審議，並得追究學校相關人員責任。