核發機關受理各項水措計畫或許可證（文件）申請、變更或展延案件，依第四十二條進行文件完整性之程序審查，及內容合理性之實體審查，其審查範圍不得及於申請、變更或展延內容以外之事項，並不得以任何形式之處分增加法規所未明定之義務。
核發機關發現核發之水措計畫或許可證（文件）有誤寫、誤算或其他類此未符合本法及相關規定之顯然錯誤者，得隨時更正之，並通知事業或污水下水道系統。
核發機關審查水措計畫或許可證（文件）展延案件，除符合下列情形之一外，不得逕行變更原核准登記事項：
一、主管機關依本法第七條規定，增訂或加嚴放流水標準，致與原核准登記事項不符。
二、直轄巿、縣（巿）主管機關依本法第九條第二項規定，擬訂總量管制方式，致與原核准登記事項不符。
三、依本法第十五條第二項或第三十二條第二項規定變更許可事項。
第一項審查經認定應補正資料時，依下列規定辦理：
一、審查意見應以一次性提供為原則，內容應符合本法所定法規，並與申請、變更或展延內容事項有關。除因申請者補正之資料文件而新增之審查意見外，後續通知限期補正時，不宜有前次通知限期補正未列明之審查意見。
二、核發機關第一次提供之審查意見，應於通知申請者限期補正前七日內，以電話或面談方式提供諮詢，並作成紀錄。
三、核發機關應依諮詢結果，以書面方式通知申請者限期補正。
四、申請者未能於第二款期限內以電話或面談方式參與諮詢，核發機關應以書面方式通知申請者限期補正，並通知提供諮詢之方式。