運出金門、馬祖地區之偶蹄類動物，應經動物防疫人員檢查為健康情形良好，來源場應落實生物安全及運輸車輛消毒工作，並符合下列規定：
一、飼養條件：
（一）豬隻：產自金門、馬祖地區之來源場或經金門、馬祖地區之來源場飼養三個月以上。
（二）豬隻以外之偶蹄類動物：產自金門、馬祖地區之來源場或經金門、馬祖地區之來源場飼養一年以上。
二、運出金門、馬祖地區前三個月內，來源場無發生甲類動物傳染病。
三、來源場應依本條例第十三條之一規定使用疫苗。
四、運出豬隻以外偶蹄類動物者，來源場應每三個月抽檢動物口蹄疫非結構蛋白抗體，其結果應為陰性反應。但金門地區運出豬隻以外偶蹄類動物者，來源場應以相同檢體一併檢驗動物口蹄疫血清抗體，其結果應為百分之八十以上有血清抗體陽性反應。
五、牛隻輸往臺灣本島前，應於來源場或所在地動物防疫機關指定之隔離場所內，隔離飼養檢查十四日以上，期間應經所在地動物防疫機關派員檢查健康情形良好，並採血送檢口蹄疫非結構蛋白抗體，其結果應為陰性反應。但金門地區牛隻輸往臺灣本島前，應以相同檢體一併檢驗口蹄疫血清抗體，其結果應為血清抗體陽性反應；無血清抗體陽性反應之牛隻，應補強注射一劑口蹄疫疫苗滿十四日。
六、豬隻輸往臺灣本島前，應經所在地動物防疫機關派員釘掛耳標及採血送檢口蹄疫非結構蛋白抗體，其結果應為陰性反應，並於運抵碼頭時檢查健康情形良好。但金門地區豬隻輸往臺灣本島前，應以相同檢體一併檢驗口蹄疫血清抗體，其結果應為陽性反應，無血清抗體陽性反應之豬隻，應補強注射一劑口蹄疫疫苗滿十四日。
依前項第四款至第六款之檢驗結果為口蹄疫非結構蛋白抗體陽性者，應由所在地動物防疫人員依本條例規定辦理逆向追蹤複檢。