海運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，應由貨棧業者擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單訊息，憑以卸貨進倉；未連線者應憑書面文件辦理。空運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，應由運輸業憑該班機進口艙單，向海關申請卸貨進倉，並將進口艙單送卸存貨棧，憑以卸貨進倉。但須卸存機場管制區以外地區之貨棧者，應由運輸業者或承攬業者檢具其與貨棧業者共同簽章具結之空運貨物特別准單申請書，申請核發空運貨物特別准單。
空運進口或轉運貨物應於卸存航空貨物集散站之貨棧之翌日起三日內拆櫃、拆盤。但軍政機關進口及無法拆櫃、拆盤進倉貨物經向海關申請核准者，不在此限。
貨棧業者點收進口、轉運或轉口貨物無訛後，應立即辦理進倉作業。
前項貨物進倉後，空運貨棧及快遞專區貨棧業者應即以電腦發送進（轉）口貨物進倉訊息至海關或海關核可平臺；海運貨棧業者得於海關核可平臺辦理登錄作業，替代傳輸進倉訊息。
專營或兼營轉口貨物之貨棧，進行轉口貨物之拆包、分批及加貼航空（郵）標籤作業，應事先以書面向海關申請核准，並經關員監視，於轉口貨物專用倉間內為之。
海進海出之轉口貨物須於進口貨棧內之轉口倉庫、轉口倉間或其他經海關核准之場所裝櫃者，應事先以書面向海關申請，經核准後，於關員監視下辦理裝櫃；裝櫃完成後應即加封，並申辦移儲至港口貨櫃集散站轉口櫃專區或碼頭專區。但移儲於同一區段碼頭內者，免填貨櫃（物）運送單。
經海關核准轉運之轉口貨物，除前項轉口貨物外，其須裝櫃、打盤者，海關得核准直接運往儲存一般出口貨物之貨棧，在關員監視下辦理裝櫃、打盤作業。
海空聯運之轉口貨櫃進入空運貨棧時，貨棧業者應即時通知海關到場監視，始得辦理收櫃、剪封及拆櫃作業。