經營者僱用之非我國籍船員，經主管機關許可，並符合第二十二條第一項第一款規定得搭乘航空器入境者，應依下列程序辦理：
一、經營者應填具非我國籍船員辦理入境簽證經營者保證函（附件六），並檢附非我國籍船員最近三個月內，經所屬國家之當地醫療機構健康檢查合格之證明文件（格式如附件七），送漁業公會或漁會，轉送主管機關審核。
二、主管機關應查核漁船符合第二條所定情形，非我國籍船員符合第三條所定資格後，於經營者保證函核章。
三、經營者應檢附主管機關核章之經營者保證函，於核章之次日起三個月內向我國駐外館處辦理非我國籍船員入境簽證申請，且該保證函限該次簽證申請使用。
經營者應於所僱用之非我國籍船員入境後三個工作日內，配合當地直轄市、縣（市）政府防疫需求，安排其至指定醫院接受健康檢查，並於取得健康檢查書面報告之次日起七日內，將該書面報告送漁業公會或漁會，轉送直轄市、縣（市）政府備查；其健康檢查項目及指定醫院依當地直轄市、縣（市）政府規定。
非我國籍船員入境後，應於十四日內隨受僱漁船出港作業。
主管機關或主管機關委託之直轄市、縣（市）政府，應將第一項第三款經核章之經營者保證函，函送我國駐外館處，並副知外交部。