輸出入動物應受隔離檢疫者，動物之輸出入人或其代理人應於輸出入前，先向輸出入動物檢疫機關請准排妥動物隔離場所或其他指定場所後，始得輸出入。
應受隔離檢疫動物之輸入人或其代理人，應依動物檢疫人員指示，於指定期間內將動物送至動物隔離場所或其他指定場所隔離檢疫。
動物隔離期間，非動物檢疫人員未經輸出入動物檢疫機關許可，不得擅自出入動物隔離場所或其他指定場所。在隔離期間，該動物、相關檢疫物及藥品，非經動物檢疫人員檢查許可，不得移出或移入。
動物隔離期間，經診斷為罹患或疑患動物傳染病者，輸出入動物檢疫人員得依實際情況採取必要之處置。有立即處理之必要者，得逕行處理，並發給輸出入人或其代理人處置證明書。