本辦法用詞，定義如下：
一、指定動物傳染病：指經中央主管機關依本條例第十二條之一規定指定公告之動物傳染病。
二、感染性生物材料：前款指定動物傳染病之病原體、衍生物及含有該病原體或衍生物之物質，分為下列三類：
（一）第一類：指定動物傳染病之病原體。
（二）第二類：前目動物傳染病病原體之衍生物。
（三）第三類：經確認含有前二目病原體或衍生物之物質。
三、設置單位：指持有、使用感染性生物材料，並設有實驗室或保存場所之機關（構）、法人或團體。
四、實驗室：指使用感染性生物材料或進行指定動物傳染病檢驗之場所。
五、保存場所：指保存而不涉及使用感染性生物材料或進行指定動物傳染病檢驗之場所。
六、作業場所：實驗室及保存場所之統稱。