共同清除、共同處理機構應將每日廢棄物收受、貯存、清除、處理、產品銷售或衍生廢棄物之處置情形逐項作成營運紀錄，隨其清除、處理設施存放，以供查核。
共同清除機構應每季對其運交廢棄物之妥善處理或再利用追蹤查核，並作成紀錄備查。
共同清除、共同處理機構除依環境部公告以網路傳輸方式申報第一項營運紀錄外，應以書面方式於每年一月、四月、七月及十月月底前，向經濟部申報前季營運紀錄並副知機構所在地之環保主管機關。
共同處理機構所收受之廢棄物，如經處理後可產製成產品者，應於每月十日前依下列規定主動連線至環境保護許可管理系統之廢棄物系統內經濟部事業廢棄物再利用產品申報區，申報前月產品之營運紀錄：
一、逐項申報產品名稱。
二、各項產品之銷售對象、證號、地址、產品代碼及名稱、銷售量、事業廢棄物代碼、名稱及使用量與前月底之產品庫存量相關資料；如無產品銷售時，亦應申報前月底之產品庫存量或無產品庫存。
三、如發現產品銷售流向申報內容與事實不符時，應立即上網補正申報資料，並說明修改申報資料之原因。
連線申報時，如相關軟硬體設施發生故障無法於每月十日前完成申報，應於二十四小時內以傳真方式向本部報備並作成紀錄；並於修護完成一日內補行連線申報。
共同清除、共同處理機構應與產出事業廢棄物之法人股東訂定事業廢棄物委託清除處理契約書，並於訂定契約書之次日起三十日內，檢具該契約書副知法人股東及機構所在地之環保主管機關；變更契約書內容或終止契約時，亦同。
經濟部得派員至共同清除、共同處理機構查核其營運情形，共同清除、共同處理機構應配合提供相關資料。
共同清除、共同處理機構應依經濟部前項查核之輔導改善建議執行改善，並於完成改善後，檢具改善情形報請經濟部備查。