依第十條規定之申請，有下列情形之一者，主管機關應不予許可：
一、申請變更或拆除農田水利設施，不具備第八條所定資格。
二、申請兼作使用，非屬第九條所定項目。
三、申請施設銜接農田水利設施之溝渠、箱涵、排水管線或其他構造物（以下簡稱銜接設施），或申請許可排放於農田水利設施範圍內之非農田排水（以下簡稱搭排）者，有危害人體健康、農業產業或生物安全或有危害之虞。
四、排放之水質不符合灌溉水質基準值，或有影響灌溉水質之虞。
五、妨礙農田水利設施之灌溉或排水功能或有妨礙之虞。
六、造成農田水利設施管理維護成本增加，或有增加之虞。
七、妨礙灌溉制度、灌溉計畫、水源或區域水資源統籌調度或有妨礙之虞。
八、未符合土地或建築管制法規。