執行單位以專屬授權方式運用研發成果者，應以供我國研究機構或企業在我國管轄區域內製造或使用為優先。但不影響我國整體產業及技術發展，經本部核准者，不在此限。
執行單位以非專屬授權方式運用研發成果，且授權對象或區域屬大陸地區、香港、澳門，或屬本部產業主管機關公告有影響我國產業競爭優勢之虞者，應報經本部核准。但申請科技計畫時已規劃其為達成計畫目標所必須之成果運用方式，並經本部審查計畫通過者，不在此限。
前二項規定，於研發成果再為讓與或授權者，亦適用之。
執行單位就無須報經本部核准之非專屬授權方式運用研發成果，其運用情形應依相關規定向本部報告；必要時，本部得要求執行單位提出說明。
執行單位無須依第二十八條通過制度評鑑者，其擬在我國管轄區域外製造或使用研發成果，應報經本部核准。
執行單位在我國管轄區域外運用研發成果，應符合臺灣地區與大陸地區人民關係條例、貿易法及其他相關法令規定。