直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫，應以書面載明回饋金應繳數額，並發給特定工廠使用地證明書，通知申請人向直轄市、縣（市）地政主管機關申辦使用地變更編定。
用地計畫應繳交之回饋金按申請用地變更使用總面積，依用地計畫核定當期公告現值百分之五十計算。但用地計畫核定範圍內，曾依森林法相關法規繳交回饋金者，就已繳交之山坡地開發利用回饋金數額得予扣除。直轄市、縣（市）主管機關收繳之回饋金，應撥交予農業發展條例第五十四條第一項規定設置之農業發展基金。
申請人應繳交之回饋金應於辦理使用地變更編定異動登記前全數繳交，或於辦理工廠登記前分期繳交，其分期繳交規定如下：
一、第一期：使用地變更編定異動登記前繳交應繳金額之四分之一。
二、第二期：用地計畫或開發許可核定後一年內繳交應繳金額之四分之一。
三、第三期：用地計畫或開發許可核定後二年內繳交應繳金額之四分之一。
四、第四期：辦理工廠登記前全數繳交完畢。
回饋金採分期繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附加附款，載明申請人應依前項規定分期繳交回饋金，不受管制規則第二十六條及第二十九條限制；於第二期繳交期限前未完成使用地變更編定異動登記者，應依直轄市、縣（市）主管機關通知繳交全部回饋金；於辦理工廠登記前，有土地所有權移轉情事，應於辦理土地所有權移轉登記前繳清。
依第三項分期繳交回饋金時，申請人應以用地計畫申請範圍內全部土地作為擔保，如申請人非土地所有權人，應併取得土地所有權人同意，向土地所在地地政事務所辦理抵押權設定登記予直轄市、縣（市），經登記完畢，檢具土地登記謄本向直轄市、縣（市）主管機關申請繳交第一期回饋金。
回饋金採分期繳交者，應依下列規定辦理：
一、直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫時，依相關規定將第四項用地計畫核定之附款事項，登錄於地政機關之土地參考資訊檔，並定期查核土地所有權登記情形。
二、直轄市、縣（市）主管機關通知申請人繳交第二期及第三期回饋金之應辦事項如下：
（一）於第二期應繳期限三十日前，查核使用地變更編定異動登記情形，其已完成異動登記者，通知申請人於期限前繳交當期回饋金；尚未完成異動登記者，應通知申請人於辦理使用地變更編定異動登記前繳交全部回饋金，不適用第三項各款分期繳交之規定。
（二）於第三期應繳期限三十日前，通知申請人於期限前繳交當期回饋金。
三、依前項規定經設定抵押權登記之土地，如於回饋金全數繳交完畢前申請所有權移轉登記時，應依下列規定辦理：
（一）土地所在地地政事務所受理土地所有權移轉登記案件時，同時通知直轄市、縣（市）主管機關。
（二）直轄市、縣（市）主管機關接獲前目通知，應通知申請人於十五日內將回饋金全數繳交完畢，並副知土地原所有權人及繼受人。
四、申請人未依第三項或第二款第一目規定繳交回饋金，或有前款情形經限期繳交仍未依規定繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止用地計畫之核定，註銷特定工廠使用地證明書，將土地恢復原編定，已繳交之回饋金不予退還。但土地所有權係移轉予原申請人或因繼承而移轉土地所有權，不在此限。
五、有前款本文情形，直轄市、縣（市）主管機關依前款規定將土地恢復原編定後，應依相關規定程序檢具更新資料，送請土地所在地地政事務所辦理土地參考資訊檔更新，並通知申請人申請抵押權塗銷同意書，向土地所在地地政事務所申請抵押權塗銷登記。
六、申請人於回饋金未全數繳交完畢前申請工廠登記者，直轄市、縣（市）主管機關於審查前應通知申請人於十五日內將回饋金全數繳交完畢，申請人逾期未繳清者，應駁回其工廠登記申請。
申請人依第三項或前項第二款第一目規定將回饋金全數繳交完畢後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直轄市、縣（市）主管機關依相關規定程序檢具更新資料，送土地所在地地政事務所辦理更新；並申請抵押權塗銷同意書，據以向土地所在地地政事務所申請抵押權塗銷登記。