直轄市、縣（市）主管機關受理申請後，審查申請文件欠缺或不符規定者，應以書面通知申請人限期補正；屆期未補正或無法補正者，應敘明理由駁回之。
申請案件有不符合第三條各款規定者，應予駁回。
申請案件無前二項情形者，應將申請文件分送地政、工務（建設、建築管理）、農業、環境保護、水利及變更前目的事業等主管機關或單位，並會同實地勘查、審查後簽核具體意見於審查表。審查期間以三個月為限；必要時，得延長三個月，並以一次為限，但申請人補正期間不計入審查期間。直轄市、縣（市）主管機關如因申請案數量眾多，有延長審查期限之必要者，得報請中央主管機關同意延長之。
用地計畫涉及環境影響評估、水土保持、用水計畫等事項，得採併行審查方式辦理。
直轄市、縣（市）主管機關應於用地計畫核定前，確認申請人已提出下列完成廢（污）水排放計畫之證明文件；文件欠缺或不符規定之處理，準用第一項規定：
一、屬事業廢水者：依水污染防治法規定取得環境保護主管機關排放許可或簡易排放許可文件。
二、屬生活污水者：取得相關主管機關同意對外排放之文件。
申請人所提用地計畫之土地位於群聚地區，且經主管機關規劃採新訂都市計畫或開發產業園區區位時，直轄市、縣（市）主管機關得駁回其申請。