公司進行合併、分割或依第二十七條至第三十條規定收購，而持有其子公司股份或出資額達已發行股份總數或資本總額百分之九十者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿十二個月之年度起，選擇以該公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘申報；其他有關稅務事項，應由該公司及其子公司分別辦理。
依前項規定選擇合併申報營利事業所得稅者，其合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報；其選擇合併申報，無須事先申請核准，一經選擇，除因正當理由，於會計年度終了前二個月內，報經財政部核准者外，不得變更。
依前項規定經核准變更採分別申報者，自變更之年度起連續五年，不得再選擇合併申報；其子公司因股權變動不符第一項規定而個別辦理申報者，自該子公司個別申報之年度起連續五年，不得再依前項規定納入合併申報。
依第一項規定合併申報營利事業所得稅者，其合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算、合併申報未分配盈餘及應加徵稅額之計算、營業虧損之扣除、投資抵減獎勵之適用、國外稅額之扣抵、暫繳申報及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。